Beberapa lembaga yang ada dalam koordinasi KNKS yaitu Kementerian Keuangan, Kementerian Koperasi dan Usaha Kecil dan Menengah, Kementerian Agama, Bank Indonesia (BI), Otoritas Jasa Keuangan (OJK), Lembaga Penjamin Simpanan (LPS), Kementerian PPN/Bappenas, Kementerian Koordinator bidang Perekonomian, Kementerian Badan Usaha Milik Negara (BUMN), dan Majelis Ulama Indonesia (MUI).
Dengan adanya berbagai lembaga yang terlibat, penting bagi KNKS untuk menselaraskan kebijakan yang ada di beberapa lembaga serta menselaraskan tupoksi beberapa lembaga agar tidak tumpang tindih satu sama lain.
Kementerian Koperasi ada baiknya fokus membantu pesantren dalam hal penciptaan produk yang marketable hingga pemasarannya. Sementara untuk sisi permodalan (pembiayaan) ada baiknya dikomandoi seluruhnya oleh OJK.
Saat ini sudah banyak pesantren yang sedang mencoba mengarah pada sistem eko-pesantren. Namun salah satu masalah yang dihadapi selalu berkaitan dengan permodalan.Â
Akan lebih baik jika pesantren memiliki lembaga keungan sendiri yang dikelola secara baik manajemennya. Atau setidaknya di setiap kecamatan ada satu pesantren yang memiliki LKM, sehingga pesantren-pesantren lain yang ada di sekitarnya bisa menginduk pada LKM tersebut.
Saat ini, badan hukum LKM di Indonesia bisa berupa koperasi atau perseroan terbatas. Jika LKM berbadan hukum koperasi maka dalam operasionalnya harus tunduk pada Undang-Undang No. 25 tahun 1992 tentang Perkoperasian dan pengawasannya berada di bawah Kementerian Koperasi dan UKM. Sementara jika LKM berbadan hukum perseroan maka pengawasan dilakukan oleh Otoritas Jasa Keuangan dan tunduk pada Undang-Undang No. 21 tahun 2011 tentang Otoritas Jasa Keuangan.
Menurut data Direktori Lembaga Keuangan Mikro yang terdaftar di OJK, pada posisi Januari 2019 baru sekitar 62 LKM Syariah yang terdaftar di OJK. Hal ini tentu menjadi pekerjaan rumah bagi OJK untuk mengajak dan memfasilitasi agar LKM terutama LKM syariah bisa terdaftar di OJK.
Dengan terdaftar di OJK, tentu akan menjadi ketenangan bagi masyarakat untuk lebih terlibat di LKM Pesantren tersebut. Selain itu dengan terdaftar di OJK, diharapkan LKM Pesantren bisa lebih meningkatkan pertumbuhan dan jaringannya.Â
Karena bagaimanapun OJK akan menjembatani sinergi antara LKM pesantren dengan lembaga keuangan lain seperti perbankan dan asuransi syariah.
Begitupun dengan lembaga lain seperti Kementerian BUMN bisa terlibat dalam penciptaan ekosistem ekonomi syariah dengan mensinergikan BUMN yang ada dengan pesantren di sekitarnya. Pemberian pelatihan-pelatihan, akses pemasaran hingga penyediaan barang dan jasa untuk keperluan usaha pesantren.
Kementerian Agama bisa berperan melalui Badan Penyelenggara Jaminan Produk Halal (BPJPH) untuk melaksanakan penyelenggaraan jaminan produk halal sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan. Produk yang sudah terstandarisasi kehalalannya akan menjadi value tersendiri bagi masyarakat luas.
