Pada tahun 1644 ia menerbitkan Principia Philosophiae di Amsterdam, sebuah sintesis dari Wacana dan Meditasi. Pada tahun 1649 ia menerbitkan bukunya " Les Passions de l'Ame" (The Passions of the Soul) di mana ia mengklasifikasikan kehidupan emosional menjadi enam keadaan dasar: kekaguman, cinta, kebencian, keinginan, kegembiraan dan kesedihan. Yang lainnya adalah varian atau "spesies" dari enam emosi dasar yang dijelaskan oleh pergerakan roh di otak, darah, dan organ vital.
Descartes kemudian mempertimbangkan bagaimana tubuh dan pikiran-jiwa berhubungan satu sama lain, bagaimana sesuatu yang material  tubuh  berinteraksi dengan sesuatu yang non-materi  pikiran-jiwa. Descartes hidup di bawah pemerintahan Louis XIII dan Louis XIV, dua raja absolut yang sepenuhnya menguasai wilayah mereka. Descartes percaya pada hak ilahi monarki dan perlunya otoritas pusat. Oleh karena itu  pikirnya, jiwa harus mempunyai pusat kendali autentik di otak, yang mengendalikan pergerakan roh binatang melalui sistem saraf dan untuk itu ia mengusulkan agar pikiran dan tubuh berkomunikasi pada satu titik, yaitu kelenjar pineal. . Kelenjar kecil ini bertanggung jawab atas produksi roh hewan, yang akan membawa informasi dari satu bagian tubuh ke bagian tubuh lainnya. Descartes menulis seperti ini:
Tampaknya saya telah dengan jelas menentukan  bagian tubuh di mana jiwa segera menjalankan fungsinya adalah sebuah kelenjar yang sangat kecil, terletak di tengah-tengah substansi [otak] dan dengan demikian tergantung di atas saluran yang dilaluinya. roh-roh di rongga anteriornya berkomunikasi dengan roh-roh yang ada di posterior, sehingga gerakan sekecil apa pun dapat sangat mengubah arah roh-roh ini, dan dengan cara yang sama, arah roh-roh ini dapat sangat mengubah pergerakan kelenjar tersebut.
Kita sekarang tahu  pineal dipersarafi oleh sistem saraf simpatis dan dapat berfungsi sebagai fotoreseptor pada hewan dengan reproduksi musiman seperti amfibi, reptil, dan burung. Dalam kondisi cahaya redup, pada bulan-bulan musim dingin, ia menghasilkan lebih banyak melatonin, yang menghambat reproduksi. Diperkirakan  alasan utama Descartes memilih kelenjar pineal adalah karena kelenjar ini merupakan struktur tunggal sedangkan sebagian besar struktur otak berbentuk ganda, dengan susunan simetris.
Hal ini  dipengaruhi oleh fakta  ia dikelilingi oleh cairan serebrospinal dan dekat ventrikel yang dianggap sebagai tempat penyimpanan roh binatang. Descartes berpikir  kapiler halus pada pineal akan menyaring partikel terkecil dari darah dan mengubahnya menjadi roh binatang ketika dilepaskan di ventrikel. Ia  berpikir  saraf-saraf dari organ-organ indera mengandung benang-benang halus di dalam saluran-saluran panjang mereka dan ketika ditarik mereka akan membuka katup-katup di dinding-dinding ventrikel yang memungkinkan roh-roh binatang memasuki saraf-saraf itu dan dari sana mengalir ke berbagai organ. organ.
Selain itu, ia yakin, pineal dapat berosilasi, mengarahkan roh binatang ke lubang tertentu di dinding ventrikel, seperti perubahan melalui katup pada cairan yang mengalir melalui pipa yang digunakan robot untuk bergerak. Faktanya, seluruh sistem fungsi otaknya didasarkan pada pengamatan terhadap animasi air mancur di Taman Yang Mulia.
Dengan cara yang sama Anda mungkin telah mengamati di gua-gua dan air mancur di taman raja-raja kita  kekuatan yang membuat air naik dari sumbernya mampu menggerakkan berbagai mesin dan bahkan membuat mereka memainkan instrumen tertentu atau mengucapkan beberapa kata sesuai dengan berbagai susunan pipa yang dilalui air.
Dan tentunya kita dapat membandingkan syaraf-syaraf mesin yang sedang saya gambarkan dengan tabung-tabung dari mekanisme air mancur ini, otot-otot dan urat-uratnya dengan roda-roda gigi dan pegas-pegas yang berfungsi untuk menggerakkan mekanisme-mekanisme ini, roh binatang mereka dengan air yang menggerakkannya. , dimana jantung adalah sumbernya dan rongga otak sebagai reservoir air.
Dengan penjelasan tersebut, mudah untuk menyimpulkan cara kerja proses otak seperti tidur atau bangun. Descartes mendalilkan  tidur terjadi ketika otak mengosongkan dirinya dari roh, seperti robot yang tiba-tiba roboh ketika kehilangan tekanan pada salurannya. Sebaliknya, ketika banyak roh masuk ke otak, otak mengembang, saraf membengkak dan kita terbangun, menciptakan kepekaan yang lebih besar terhadap rangsangan eksternal. Dari model ini disimpulkan  ciri-ciri dasar kehidupan hewan---makan, bernapas, berjalan, bereproduksi, merespons rangsangan---dapat dilihat sebagai tindakan mekanis yang merespons hukum fisika, salah satu tujuan awal filsuf Perancis.
Ketika jiwa ingin mengingat sesuatu, keinginan ini menyebabkan kelenjar [pineal], berturut-turut condong ke sisi yang berbeda, mendorong roh ke berbagai bagian otak, hingga mereka menemukan area di mana jejak yang ditinggalkan oleh objek yang ingin kita ingat. ditemukan, tetapi jejak-jejak ini tidak lain adalah fakta  pori-pori otak, yang sebelumnya dilalui oleh roh-roh karena kehadiran benda ini, karena alasan ini memperoleh fasilitas yang lebih besar daripada yang lain dalam menjadi a semakin terbuka oleh roh binatang yang mendatangi mereka dengan cara yang sama.
Meskipun fungsi kelenjar pineal tidak ada hubungannya dengan apa yang dibayangkan Descartes, namun dialah yang melakukan peralihan dari pengetahuan tentang makhluk hidup sebagai bagian dari filsafat abad pertengahan, yang pengetahuannya dicapai dari pemikiran rasional ke pemikiran rasional. arah baru, pengetahuan berdasarkan fakta. observasi dan eksperimen.
