Di antara mereka patut disebutkan ahli biokimia Perancis Jaques Monod (1910-1976) yang melihat dalam isi agama produk gambaran mengigau yang tujuannya untuk meredakan kecemasan dan ketakutan dalam menghadapi kematian. Bagi Monod, Tuhan tidak ada dan manusia tidak lebih dari produk murni materi dan kebetulan. Pemikiran seperti ini merupakan pendirian filosofis, bukan hasil ilmu pengetahuan, karena ilmu pengetahuan bukanlah atheis dan bukan pula teistik, karena Tuhan bukanlah objek kajian ilmu pengetahuan. Dalam hal ini Comte memiliki intuisi yang benar, pertanyaan tentang keberadaan Tuhan tidak menarik minat ilmu pengetahuan, namun kesalahannya adalah percaya  segala sesuatu yang tidak termasuk dalam skemanya, pasti tidak ada.
Comte menjelaskan sebagai "hukum besar" tiga tahap yang dilalui sejarah umat manusia: tahap teologis (religius), tahap metafisik (filosofis), dan tahap positif (ilmiah). Dalam tahap teologis dan metafisik, manusia mencari alasan segala sesuatu dan dengan demikian mendambakan prinsip absolut, wujud pribadi atau realitas abstrak, sebagai penyebab segala sesuatu yang terjadi di dunia. Sebaliknya, semangat positif menggantikan studi tentang hukum-hukum yang tidak dapat diubah dengan sebab-sebab itu sendiri, dengan penjelasan tentang bagaimana dan mengapa sesuatu terjadi, tanpa perlu mengandalkan Tuhan atau esensi metafisik apa pun.
Ketika umat manusia menerima  ia ditakdirkan untuk maju tanpa batas ke masa depan, karena manusia dapat disempurnakan dalam cara yang tidak terbatas dan karena itu  mengalami kemajuan, maka ia akan mampu meninggalkan gagasan tentang Tuhan. Inilah keyakinan Auguste Comte.
Mereka yang meyakini  sains dapat menggantikan agama adalah karena mereka menganggap agama sebagai pengetahuan primitif yang kini menjadi subjek sains. Namun persoalan agama dan bahasanya tidak dapat diterjemahkan ke dalam bidang keilmuan dan umumnya karena ketidaktahuan, makna keyakinan agama disalahartikan, seolah-olah merupakan fenomena fisik. Misalnya, mengenai asal usul alam semesta, ilmu pengetahuan mempunyai teori dan bukti empiris untuk memikirkan bagaimana alam semesta muncul (Big Bang), namun hal tersebut tidak menjawab pertanyaan tentang keberadaan Sang Pencipta: Mengapa ada Alam Semesta padahal sebenarnya ada. tidak ada apa-apa. ; Kecuali beberapa gerakan keagamaan fundamentalis yang memahami ayat-ayat Alkitab secara harfiah, teks-teks keagamaan tidak pernah ditafsirkan dengan cara seperti ini. Santo Agustinus pada abad keempat menulis tentang penafsiran simbolis Kitab Kejadian. Ketika teologi menegaskan  dunia "diciptakan oleh Tuhan" tidak sama dengan mengatakan "dunia mempunyai asal usul yang sementara", sebuah kesalahpahaman yang dialami Stephen Hawking sendiri ketika ia mengacaukan tingkat fisik dengan pertanyaan metafisik.
Pencipta teori "Big Bang" adalah seorang pendeta dan ahli astrofisika (Lemaitre), yang tidak pernah mencoba membenarkan gagasan teologis tentang penciptaan dengan teori ilmiahnya, karena ia memahami perbedaan antara kebenaran sains dan pertanyaan-pertanyaan metafisika dan teologis. Umumnya kebingungan pada tingkatan ini mengarah pada diskusi yang tidak berarti dan penafsiran yang naif terhadap teks-teks agama.
Penelitian ilmiah menjawab kebutuhan akan penjelasan tentang fungsi alam, namun praktik agama mengungkapkan kebutuhan akan makna yang selalu tidak terpenuhi, bahkan jika kita bisa menjelaskan semuanya secara ilmiah.
Jangan bingung antara agama dengan pemikiran magis atau takhayul, faktanya agama bertentangan dengan takhayul. Keyakinan agama (hubungan kepercayaan dengan realitas transenden) Â dikacaukan dengan keyakinan pada umumnya, tanpa memahami kekhususan atau landasannya. Mempercayai hal-hal yang dapat dibantah oleh bukti ilmiah tidak sama dengan mempercayai realitas yang bukan merupakan bidang penelitian ilmiah. Keyakinan terhadap suatu realitas yang tidak dapat dibuktikan secara empiris dapat dipikirkan secara rasional, dijelaskan secara masuk akal. Agar ada iman, tidak ada bukti, namun ada kepastian dan rasionalitas.
Tujuan agama bukan untuk menjelaskan fungsi dunia dan struktur materialnya, namun untuk menemukan makna keberadaan, dunia, dan manusia. Pertanyaan-pertanyaan sains bukanlah jawaban dari agama dan sebaliknya. Sains tidak dapat menjawab pertanyaan-pertanyaan terakhir umat manusia, pertanyaan-pertanyaan yang tidak akan pernah berhenti ditanyakan: Apakah kehidupan mempunyai makna. Mengapa kita ada padahal kita tidak pernah bisa ada. Apakah ada kehidupan setelah kematian. Apakah ada sesuatu yang bisa kita sebut Tuhan di luar dunia ini. Mengapa kita menderita dan mengapa kejahatan ada.
Paus Katolik, Yohanes Paulus II dan Paus Benedictus XVI menegaskan dalam beberapa tulisan mereka  agama tidak dapat dan tidak boleh mengabaikan ilmu pengetahuan, namun ilmu pengetahuan harus mengakui keterbatasannya dan tidak mengklaim menggantikan agama. Jika hal ini tidak terjadi, maka timbullah bentuk-bentuk patologis agama dan ilmu pengetahuan, terjerumus ke dalam fundamentalisme, takhayul, dan dogmatisme irasional yang saling bertentangan.
Citasi dan referensi:
- 1974, The Crisis of Industrial Civilisation, The Early Essays of Auguste Comte, R. Fletcher (ed.), London: Heinemann.
- 1995, The Correspondence of John Stuart Mill and Auguste Comte, O. Haac (ed.), London: Transaction Publishers.
- 1998, Early Political Writings, H. S. Jones (ed.), Cambridge: Cambridge University Press.
- 1843, System of Logic, Ratiocinative and Inductive, London: John Parker; reprinted in Mill 1963ff.
- 1865, Auguste Comte and Positivism, London: Trubner; reprinted in Mill 1963ff, vol. 10,
- 1874, Three Essays on Religion, London: Longmans; reprinted in Mill 1963ff, vol. 10.
- 1963ff, Collected Works of John Stuart Mill, J. M. Robson (ed.), Toronto: University of Toronto Press.
- Bourdeau, M., Pickering, M., and Schmaus, W., (eds.), 2018, Love, Order & Progress, The Science, Philosophy and Politics of Auguste Comte, Pittsburgh: University of Pittsburgh Press.
- Cashdollars, C. D., 1989, The Transformation of Theology (1830--1890): Positivism and Protestant Thought in Britain and America, Princeton: Princeton University Press.
- Feichtinger, J., Fillager, Fr., and Surman, J., (eds.), 2018, The Worlds of Positivism, A Global Intellectual History, 1770--1930, London: Palgrave Macmillan.
- Gane, M., 2006, Auguste Comte (Key Sociologist series), London: Routledge.
- Hale, Ch., 1989, Transformation of Liberalism in Late 19th Century Mexico, Princeton: Princeton University Press.
- Harp, G., 1994, Auguste Comte and the Reconstruction of American Liberalism, 1865--1920, University Park: Pennsylvania State University Press.
- Hayek, F. 1952, The Counter Revolution of Science, Glencoe: The Free Press.
- Lepenies, W., 1988, Between Litterature and Science: The Rise of Sociology, Cambridge: Cambridge University Press.
- Pickering, M., 1993--2009, Auguste Comte: An Intellectual Biography, vol. 1--3, Cambridge: Cambridge University Press.
- Raeder, L., 2002, John Stuart Mill and the Religion of Humanity, Columbia: University of Missouri Press.
- Scharff, R. C., 1995, Comte after Positivism, Cambridge: Cambridge University Press.
- Wright T. R., 1986, The Religion of Humanity: The Impact of Comtean Positivism on Victorian Britain, Cambridge: Cambridge University Press.
