Pericles memerintahkan pemulihan Jalan Panathenaic, serta bangunan yang mengelilingi pintu masuknya ke agora di sudut barat laut dan pintu keluarnya ke Akropolis di tenggara. Saat ini tiga stoa dibangun (atau dibangun kembali): Stoa dari Poikile, Stoa dari Selatan dan Stoa dari Zeus Eleuterio. Kuil Hephaestus  dibangun, dan mint kota, pengadilan, dan tempat suci dipulihkan dan direnovasi. Di antara tempat-tempat suci adalah Altar Dua Belas Dewa yang terkenal dari mana semua jarak di Athena diukur. Makam tholos Mycenaean awal  diperbaiki dan dipulihkan sekitar waktu ini, begitu pula banyak monumen dan bangunan lain di distrik tersebut.
Setelah pemulihan Pericles, agora kembali menjadi pusat kehidupan Athena. Sementara pekerjaan di Agora sedang berlangsung, Pericles memerintahkan pembangunan kuil -kuil di Acropolis, termasuk, tentu saja, Parthenon, yang didedikasikan untuk Athena Parthenos (Athena the Virgin), dewa pelindung kota. The Great Sculptor Phidias (c. 480 - c. 430 SM) menciptakan patung Athena untuk kuil dan pelukis polignotus (abad ke -5 SM) menghiasinya dengan karyanya. Protagoras sofis agung (c. 485 - c. 415 SM) memperdebatkan kasus-kasus di pengadilan dan mengajar di gedung-gedung publik.
Socrates secara teratur mengadakan pengadilan di agora, menanyai orang-orang tentang nilai-nilai mereka dan menetapkan jenis penyelidikan yang meletakkan dasar bagi filsafat Barat yang dikembangkan oleh muridnya, Platon. Agora selama periode ini adalah pusat kegiatan intelektual, seni, budaya, agama dan politik, dan warisan ini dihormati oleh proyek konstruksi pada masa itu, serta yang ditugaskan selanjutnya.
Ada banyak bangunan penting yang reruntuhannya masih berdiri di lokasi agora kuno. Ini dibangun (atau dibangun kembali) terutama dengan dana yang disumbangkan oleh dermawan kaya. Di antara yang paling menarik adalah sebagai berikut:
Pritaneo: dikenal sebagai Tholos, pusat pemerintahan tempat Dewan Warga bertemu dan tempat api suci yang melambangkan kehidupan komunitas tetap menyala. Di sini para pahlawan Pertandingan Olimpiade dan kemenangan militer dihormati, dan terletak di dekat pusat agora. Tujuh belas eksekutif tetap berada di Tholos/Pritaneo untuk menghadapi keadaan darurat tak terduga di kota, sehingga menjadi terkait erat dengan demokrasi Athena dalam menanggapi kebutuhan rakyat.
Poikile Stoa: ( dikenal sebagai Poikile Stoa, Painted Stoa dan Painted Portico) dibangun dengan dana yang disumbangkan oleh ipar negarawan Cimon dari Athena (c. 510-450 SM). Bangunan ini menjadi salah satu yang paling terkenal di seluruh Yunani karena lukisan yang menggambarkan berbagai kemenangan militer, terutama Pertempuran Marathon pada tahun 490 SM.
Stoa Attalus: dibangun sebagai hadiah dari Raja Attalos II dari Pergamus (memerintah 159-138 SM). Itu dihancurkan oleh suku Jermanik yang menyerang dari Hruli pada 267 SM dan yang tersisa dirusak lebih lanjut pada 396 SM oleh Visigoth. Bangunan ini telah dipugar sepenuhnya pada tahun 1950-an dan sekarang menjadi Museum Agora Kuno.
Agoraios Kolonos: ("Bukit Agora")  dibangun di dekat Kuil Hephaestus, dan dulunya merupakan ruang pertemuan para pengrajin agora, bangunan ini diyakini  berfungsi sebagai pusat manufaktur. Dua sistem tangki melayani bangunan ini, yang reruntuhannya masih dipertahankan, menunjukkan  bangunan tersebut (atau setidaknya situsnya) digunakan untuk produksi kerajinan yang membutuhkan akses ke air.Kuil Hephaestus: dibangun antara 450-415 SM dan didedikasikan untuk dewa Hephaestus, pelindung para pengrajin. Saat ini, Hephaestion adalah tempat diadakannya pasar terbuka pada hari libur dan akhir pekan, melanjutkan tradisi agora kuno.
Roma mengambil Yunani sebagai provinsi pada 31 SM setelah Pertempuran Actium dan menahannya hingga 1453 M, ketika diambil alih oleh Kekaisaran Ottoman. Selama waktu itu, agora dikembangkan lebih lanjut dengan struktur seperti Odeon of Agrippa dan banyak lagi patung yang menghiasi taman dan tempat tinggal. Kaisar Romawi Hadrian (memerintah 117-138 M) mendirikan beberapa patung di agora dan berkontribusi pada perkembangannya dengan cara lain selama masa pemerintahannya.
Rasul Paulus diyakini telah berkhotbah kepada para filsuf Epicurean dan Stoa di titik pertemuan yang dikenal sebagai Areopagus ("Bukit Ares") sekitar tahun 52 M dan, setelah adopsi agama Kristen oleh orang Yunani, beberapa gereja dan tempat suci Kristen didirikan. Gereja Para Rasul dibangun sekitar tahun 1000 M, dan sekitar abad ke-7, Kuil Hephaestus diubah menjadi gereja. Agora tetap menjadi pusat komunitas dan perdagangan Athena di bawah Kekaisaran Bizantium ( Kekaisaran Romawi Timur, 330/1453 M) dan kemudian di bawah Kekaisaran Ottoman setelah 1453: jatuhnya Konstantinopel.Â
Ketika orang Yunani memberontak melawan kekuasaan Turki pada abad ke-19, agora rusak dalam pertempuran tersebut, begitu pula Acropolis. Pada tahun 1831, restorasi daerah melihat beberapa tempat tinggal dan bangunan modern didirikan di situs agora tua di atas struktur yang lebih tua, sehingga daerah yang tersisa dinyatakan terlarang untuk pembangunan perkotaan dan situs bersejarah yang penting.
