 Refleksi penulis tentang teori relativitas khusus dan umum, astronomi pengamatan, teori evolusi, permulaan teori kuantum, dll., menggarisbawahi keyakinannya  kosmologi bergantung pada sains: konsep, metode, dan hasil dari berbagai disiplin ilmu memiliki tidak ada yang tidak berwujud, kosmologi tidak dapat segera dibangun di atas fondasi yang transparan dan stabil. Seperti Plato dalam Timaeus , Whitehead dengan berani mengajukan dugaan, lalu menyoroti ketidakpastiannya; dia menganalisis gerakan pikiran tanpa membingungkannya dengan proses objektif yang mereka coba untuk mereproduksi dengan setia; akhirnya, ini mendefinisikan dengan cara yang orisinal dan teliti pahlawan dari "petualangan Ide" ini.
 "Program" Whitehead sangat berbeda dengan "program" fenomenologi. Seperti Husserl, orang sezamannya, Whitehead memasukkan pertimbangan sensasi dalam "kembali ke hal-hal itu sendiri"; tetapi, tidak seperti penulis Ideas for a Phenomenology , dia tidak berpikir  individu dapat, melalui transmutasi soliter (reduksi eidetik), mengganti sikap "transendental" dengan sikap "alami":  adalah karya sekuler dari komunitas manusia.Â
Jauh dari menyimpan kecurigaan terhadap sains modern, seperti Husserl dalam Krisis dan, terlebih lagi, Heidegger dalam Beitrage zur Philosophie , Whitehead (dalam Science and the Modern World dan Process and Reality, khususnya) mempelajari bagaimana pengetahuan ilmiah diperluas dan disistematisasikan. Dia bukan "ilmuwan" yang naif, tetapi dia menganggap tidak mungkin mendapatkan gambaran yang adil tentang alam semesta dengan mengabaikan apa yang menemukan (atau, sebaliknya, tidak melihat) mereka yang tugasnya menjelajahinya.
 Seperti Platon dari Hukum/Nomoi  (IX, 864 b), dia berpikir  untuk memutuskan diri dari harapan (di sini, untuk mendekati realitas melalui sains, termasuk melalui pendapat yang benar), adalah untuk memotong diri dari kebenaran. Filsuf, seperti penyair, harus "melekatkan dirinya pada Bumi, kuburan dan penderitaan, dan tidak mengabaikan teka-tekinya" (Holderlin): keputusan ini, yang sudah menjadi keputusan para Bapa Kapadokia (Basil Kaisarea dalam Homili tentang Hexaemeron dan saudaranya Gregory dari Nyssa dalam The Creation of Man), tidak terbukti dengan sendirinya. Memang alam tidak selalu menyesuaikan dengan kebutuhan manusia.
Ini berarti , saat ini, berpikir tentang alam berarti mempertimbangkan evolusi spesies dan besarnya penderitaan yang, menurut Darwin, diakibatkan oleh "seleksi alam". Jika, seperti yang dikatakan Paus Yohanes Paulus II, "teori evolusi lebih dari sekadar hipotesis", para teolog dipanggil untuk memikirkan bagaimana mendamaikan kejahatan yang ada di alam dan dalam cerita dengan gagasan tentang Tuhan yang penuh kasih. Jika gagal, Manichaeisme dibangun kembali, yang merupakan cara untuk membebaskan Tuhan dengan menempatkan di depannya dewa kegelapan, yang bertanggung jawab atas kejahatan.
Darwin, di akhir The Origin of Species (1859), mencatat: "Hasil perang alam ini, yang mengakibatkan kelaparan dan kematian, adalah fakta paling mengagumkan yang dapat kita bayangkan, yaitu, produksi hewan tingkat tinggi. . Apakah tidak ada kehebatan nyata dalam cara memandang kehidupan ini, dengan berbagai kekuatannya yang awalnya dikaitkan oleh Sang Pencipta pada sejumlah kecil bentuk, atau bahkan pada satu bentuk saja? Sekarang, sementara planet kita, mematuhi hukum tetap gravitasi, terus berputar di orbitnya, bentuk-bentuk indah dan mengagumkan dalam jumlah tak terbatas, yang dikeluarkan dari awal yang begitu sederhana, tidak berhenti berkembang dan masih berkembang!
Dengan kata lain, bagi Darwin, kreativitasalam tidak berjalan tanpa kejahatan (kelaparan dan kematian), tetapi keajaiban yang diperoleh (produksi bentuk-bentuk tak terhingga, termasuk hewan tingkat tinggi) mengkompensasi kekejaman sarana (seleksi alam, yang dengan sendirinya dikandung pada "seleksi buatan" model yang dipraktekkan oleh petani). Jika lukisan ini benar, dapat dipahami  hal itu mendorong Darwin - dan, terlebih lagi, beberapa muridnya - untuk memahami  penciptaan harus terjadi tanpa Pencipta dan , jika operasi alam dipahami berdasarkan model keputusan. yang dibuat petani ketika mereka memilih hewan dan tumbuhan, lebih baik menghubungkan mereka dengan kekuatan yang bukan Tuhan Kristen.
Gereja Katolik mungkin mengutuk teori Darwin jika beberapa pemikir seperti Maurice Blondel, Teilhard de Chardin, Abbe Breuil dan Count Begouen belum menarik perhatian Vatikan pada kesamaan antara gagasan evolusi dan tesis Kristen yang menurutnya Tuhan menciptakan "makhluk dalam garis besar" (Blondel) yang hanya secara bertahap mendekati tujuan mereka dan "nama yang tepat" mereka.Â
Seperti yang ditulis Blondel: "Gagasan yang hebat dan bermanfaat adalah solidaritas simpatik antara semua makhluk yang membangun diri mereka satu sama lain, seperti anggota suatu organisme dalam pertumbuhan abadi; hipotesis divinatory yang melambangkan, tetapi tanpa kekakuan ilmiah, formula yang tepat dari konser yang menyusun alam semesta; firasat kebenaran yang harus didefinisikan dan dibatasi oleh sains yang lebih maju dengan melengkapinya". Teks dari L'Action (1893) ini menggambarkan transformisme sebagai " alkimia alam: dalam satu kata itu adalah untuk mencatat apa yang berguna dan bermanfaat di dalamnya, dan apa yang sementara dan tidak lengkap".
Pada tahun 1875, dalam Materialisme, Vitalisme, Rasionalisme (1875), Cournot menganggap lebih bijaksana untuk memperkirakan  ciptaan organik terdiri dari peristiwa-peristiwa yang saling terkait daripada menghubungkannya dengan Tuhan yang akan melanjutkan ke serangkaian operasi terputus-putus: "Pada akun ini, untuk serangga saja, akan ada beberapa ratus ribu hukum yang akan dituliskan dalam Kode Alam, dan hukum yang telah diubah beberapa kali secara supernatural, oleh semacam tindakan atau pukulan revolusioner dari Negara.
Hipotesis evolusi spesies mengarah pada gagasan  operasi alam mengandaikan "pengambil keputusan" yang dapat menjadi entitas impersonal (Alam) atau Tuhan yang berpribadi (Sang Pencipta). Kepada siapa proses alami harus dikaitkan ? Kepada Sang Pencipta? Kepada "dewa muda" Timaeus (41a)? Atau ke mekanisme impersonal? Demikian pula, siapa yang bertanggung jawab atas keragaman cara reproduksi dan seksualitas pada tumbuhan dan hewan? Untuk improvisasi yang meraba-raba dari sifat buta atau Pencipta yang Mahakuasa?
