Pada pertengahan abad kesembilan belas, Kedokteran dan Biologi adalah dua disiplin ilmu yang sulit untuk menjalin kontak, tradisi medis tidak mau menerima budaya pengalaman yang berasal dari Fisiologi, sehingga tabung reaksi dan pipet akan memakan waktu lama untuk mencapai tujuan. rumah sakit. Para dokter enggan melakukan operasi laboratorium yang membunuh begitu banyak hewan dan menyelamatkan begitu sedikit manusia.;
Ketika Pasteur memasuki Akademi Kedokteran Prancis pada tahun 1873, ia diterima dengan kecurigaan.Metode baru yang menganjurkan Asepsis dan Antisepsis sebagai penangkal terbaik Teori Kuman dalam penyakit menular tidak populer di kalangan dokter.Â
Langkah-langkah kebersihan, obsesi dengan pembersihan dan desinfeksi, telah mengubah kebiasaan tenaga medis yang tidak hanya meragukan landasan teoritis dari ide-ide baru, tetapi  melihat dalam protokol kerja baru sebagai penghalang dan perlambatan metode pengobatan tradisional yang sebenarnya.Â
Meskipun kita dapat menemukan referensi terisolasi untuk "pembawa" infeksi dalam sejarah gagasan, sifat penyakit menular di abad ke-19 tidak menunjuk, di antara dokter, ke Teori Kuman.Â
Para dokter mendukung untuk menghubungkan asal penyakit dalam, yang gejalanya dapat diatur oleh faktor-faktor eksternal seperti ruangan yang berventilasi buruk atau bau busuk yang berlebihan; Bagaimanapun, peran kuman sebagai penyebab infeksi ditolak, bahkan menyangkal teori penularan antara hewan yang terinfeksi.
Bagaimana Pasteur menanggapi rentetan kritik dari kelompok yang tidak mengakui campur tangan ahli kimia di bidang medis? Jawabannya harus ditemukan dalam frasa yang dia katakan suatu hari kepada salah satu asistennya: Jangan pernah mengatakan apa pun yang tidak dapat Anda buktikan dengan eksperimen.Â
Dengan pengalamannya, ia menunjukkan  perban baru adalah penyaring asli mikroorganisme di luka, menghindari infeksi pada luka di kaki domba, yang, bagaimanapun, terkontaminasi ketika dibiarkan terbuka;Â
dia menyarankan ahli bedah untuk menyalakan instrumen sebelum digunakan, seperti yang dia lakukan dengan peralatan labnya, Pasteur berbicara kepada mereka tentang bagaimana kuman menyebar, tentang kondisi di mana mereka berkembang biak.Â
Pasteur sudah ahli di bidang mikroorganisme, begitu dokter mulai mengasimilasi peran kuman dalam penyakit menular, suaranya menjadi otoritas dan, sedikit demi sedikit, laboratorium mencapai rumah sakit.
Setelah studi tentang Fermentasi dan Pembangkitan Spontan, Pasteur melakukan berbagai penyelidikan sebelum akhirnya mendarat di "Kimia Medis". Pada tahun 1865 ia diminta untuk mengatasi penyakit cacing yang mengancam akan memusnahkan industri sutra; kemudian dia akan menemukan  epidemi itu disebabkan oleh dua penyakit menular: Pebrina dan Mengantuk.Â
Konsekuensi terpenting dari penelitian ini bagi Pasteur adalah keyakinan yang kuat  kuman bukanlah gejala penyakit, tetapi penyebab yang menyebabkannya.