Sebagaimana disebutkan di dalam berbagai jurnal dan buku, Gus Dur mengakui memang ada pendapat yang mendukung adanya gagasan negara islam di Indonesia, tetapi  ia sendiri menyatakan bahwa tidak ada konsep negara islam dalam islam.
Ini menjelaskan bahwa ada suatu aspirasi keislaman yang di miliki Gus Dur secara pribadi dan NU pada umumnya yang tidak mendukung tentang negara islam, tetapi dalam bahasanya tetap bisa menjalankan ajaran-ajaran  islam.
Gus Dur menyebutkan seperti ini:
"Inilah yang menjadikan mengapa NU tidak memperjuangkan NII. Kemajemukan yang tinggi dalam kehidupan bangsa kita, menjadikan kita hanya dapat bersatu dan kemudian mendirikan negara, yang tidak berdasarkan satu agama tertentu. Kenyataan seperti inilah yang sering dikacaukan oleh orang yang tidak sudi mengerti bahwa mendirikan sebuah NII tidak wajib bagi kaum muslimin, tetapi mendirikan masyarakat yang berpegang kepada ajaran-ajaran islam itu suatu yang wajib".
Kutipan tersebut meyatakan bahwa yang wajib menurut Gus Dur bagi kaum muslimin adalah berpegang kepada ajaran-ajaran islam,buka mendirikan negara islam di Indonesia. Ini juga diperkuat Secara realitas yang memperlihatkan dalam  islam pun terdapat variasi madzhab dan kelompok-kelompok.
Yang tidak diperbolehkan menurut Gus Dur adalah pertentangan keras, bukan perbedaan pendapat. Islam sangat menghargai perbedaan pendapat atau pandangan tetapi tidak memperbolehkan pertentangan keras yang bisa berujung perpecahan dan malapetaka.
Pandangan islam tidak tunggal, Gus Dur juga mencontohkan Resolusi jihad yang dikeluarkan PBNU pada tanggal 22 Oktober 1945 yang menyebutkan mempertahankan NKRI adalah kewajiban agama bagi kaum muslimin. Yang kemudian mengilhami Bung Tomo untuk melakukan perlawanan terhadap Belanda di Surabaya, yang notabenya bukan negara islam tetapi negara Indonesia berdasarkan pancasila.
Padahal menurut pandangan kelompok yang ingin mendirikan negara islam dan mengganti dasar-dasar negara Indonesia dengan Islam, menghancurkan Indonesia adalah suatu keharusan. Ini membuktikan terdapat pandangan yang majemuk, pandangan yang tidak tunggal antara mereka yang ingin mendirikan negara islam di Indonesia dan mereka yang cukup dengan NKRI berdasarkan Pancasila.
Menurut Gus Dur negara islam tidak ada konsepnya, kalau Nabi Muhammad menghendaki negara islam mustahil masalah seleksi kepemimpinan dan peralihan kekuasaan tidak dirumuskan secara formal. Nabi Muhammad hanya memerintahkan "Bermusyawarahlah kalian dalam suatu persoalan". Masalah sepenting ini bukannya di lembagakan secara konkrit, melainkan hanya dengan sebuah diktum: masalah di rumuskan di antara kalian.
Kemudian aspirasi ideologi islam yang ingin memasukan  ideologi agama ke dalam  negara kembali dikemukakan sebagian golongan  islam,  karena dipicu penolakan atas Rancangan Undang-Undang Haluan Ideologi Pancasila (RUU HIP) yang dibuat pemerintah dan DPR. Golongan islam menolak atas RUU HIP tersebut karena dinilai melupakan peran dari golongan islam yang sama-sama memperjuangankan dan merumuskan pancasila.
Dipicu masalah tersebut, ada golongan islam yang ingin Indonesia kembali lagi ke Piagam Jakarta dan  menjadikan agama islam sebagai ideologi negara atau  istilah yang mereka sering sebut adalah Khilafah. Ada juga kelompok yang cukup menerima pancasila sebagai ideologi bangsa yaitu seperti Nandlatul Ulama dan ormas islam lainnya.Â
Di internal agama islam sendiri masih terdapat perbedaan yang signifikan mengenai pandangan apakah Indonesia harus menjadikan agama islam sebagai ideologi negara yaitu dengan sistem khilafah ataukah cukup dengan menerima pancasila sebagai ideologi negara? Disini saja masih terdapat perbedaan yang sangat signifikan antara golongan dalam islam.
Meski mendukung pancasila tetapi Gus Dur juga mengkritik adanya pengebirian-pengebirian yang dilakukan dan manipulasi dalam praktek ber-pancasila. Tetapi sekali lagi Gus Dur tidak mendukung tentang negara islam. Ini dikatakan dalam sebuah kritikannya, sebagi berikut :
"Terjadi penyempitan tentang Pancasila itu sendiri, yaitu pengertian pancasila hanya menurut mereka yang berkuasa. Pancasila harus dipahami lebih longgar, dan hal ini dilarang samasekali. Dengan demikian, sebenarnya yang terjadi bukan pertentangan tentang pancasila, melainkan soal pengertian pancasila".
Jelas menurut pandangan Gus Dur tentang islam dalam  nation-state Indonesia, sebenarnya ada jalan tengah yang harus ditempuh dan diperjuangkan. Kita menolak teokrasi dan sekulerisme dengan mengajukan konsep berupa pancasila.Â
Pancasila sebagai alternatif atau juga jalan tengah yang diambil dikala menolak teokrasi dan sekularisme. Kemudian kompromi politik yang harus dikembangkan sebagai ideologi bangsa ialah menolak dominasi agama ataupun anti agama.
Oleh karena itu menurut Gus Dur bukan bentuknya, melainkan orientasi sebuah bangsa apakah mendukung moralitas dan cita-cita agama yang diinginkan islam, yaitu menegakan keadilan dan kesejahteraan masyarakat atau tidak.
