Meskipun layanan bimbingan konseling di sekolah sangat penting bagi perkembangan siswa, terdapat beberapa tantangan dan kendala yang sering dihadapi dalam implementasinya. Berikut adalah beberapa isu utama yang perlu diperhatikan:
1. Kurangnya Pemahaman dan Dukungan
  - Terkadap pihak sekolah, orang tua, dan bahkan siswa sendiri belum memahami peran dan manfaat layanan bimbingan konseling secara memadai.
  - Kurangnya dukungan dari pihak-pihak terkait dapat menghambat implementasi program bimbingan konseling yang efektif.
2. Keterbatasan Sumber Daya
  - Banyak sekolah menghadapi keterbatasan sumber daya, baik dari segi anggaran, infrastruktur, maupun jumlah konselor yang tersedia.
  - Keterbatasan ini dapat menghambat pengembangan program bimbingan konseling yang komprehensif.
3. Beban Kerja Konselor yang Tinggi
  - Seringkali konselor sekolah harus menangani beban kerja yang sangat berat, dengan rasio konselor-siswa yang tidak seimbang.
  - Hal ini dapat mengurangi kualitas layanan yang diberikan konselor kepada siswa.
4. Kesulitan dalam Menjangkau Semua Siswa