Detektif DNA: Bagaimana Cara Teknik RAPD Mengungkap Identitas dan Kekerabatan Suatu Individu?

Teknik RAPD dimulai dengan mengekstraksi DNA dari sampel biologis, seperti jaringan tumbuhan atau sampel darah hewan. DNA kemudian diperbanyak dengan menggunakan PCR menggunakan primer acak yang memiliki panjang sekitar 10-20 basa. 

Setelah diperbanyak, hasil PCR dipisahkan menggunakan elektroforesis agarose atau poliakrilamida. Pola pita DNA yang dihasilkan kemudian diamati dengan menggunakan pewarna atau teknik deteksi lainnya. 

Gambar berikut menunjukkan ilustrasi hasil dari elektroforesis dari lima sampel yang berbeda dan satu pita DNA standar (paling kiri). Kesamaam dari pola pita DNA pada hasil elektroforesis ini dapat mengungkap hubungan kekerabatan dari beberapa individu. 

Semakin mirip pola pita DNA pada sampel dari suatu individu, semakin dekat kekerabatan antara individu-individu tersebut. Pada gambar di bawah ini, sampel 3 dan 4 menghasilkan pola pita DNA yang sama. Hal ini menunjukkan bahwa kedua individu tersebut memiliki kekerabatan yang paling dekat dibandingkan dengan individu-individu lainnya.

Ilustrasi elektroforesis: semakin banyak pita DNA yang sejajar, artinya sampel dari individu tersebut memiliki banyak kesamaan (ilustrasi: iStock)

RAPD telah digunakan dalam berbagai penelitian biologi untuk menjelaskan fenomena-fenomena penting. Salah satu penerapannya adalah dalam studi taksonomi dan identifikasi spesies. 

Dalam banyak kasus, organisme yang serupa secara morfologi, tetapi berbeda secara genetik dapat diidentifikasi dengan menggunakan RAPD. Metode ini juga dapat membantu dalam menentukan keragaman genetik dalam populasi organisme tertentu. RAPD juga telah diterapkan dalam penelitian Bioteknologi, terutama dalam pemuliaan tanaman. 

Dengan menggunakan RAPD, ilmuwan dapat mengidentifikasi marka molekuler yang terkait dengan sifat-sifat penting seperti ketahanan terhadap penyakit atau produktivitas tinggi. Informasi ini dapat digunakan untuk memilih tanaman yang memiliki sifat-sifat yang diinginkan secara genetik dan mengembangkan varietas tanaman yang lebih unggul.

Teknik RAPD memiliki beberapa keunggulan dibandingkan dengan teknik Biologi Molekuler lainnya karena teknik ini dapat dilakukan dengan pengetahuan yang sedikit tentang urutan DNA yang diteliti, tidak membutuhkan biaya yang besar, dan waktu pengerjaan yang relatif singkat. 

Teknik ini telah banyak diaplikasikan dalam berbagai penelitian, seperti dalam penelitian pemeriksaan asal populasi, pemetaan genom, identifikasi asal geografi serangga, identifikasi keanekaragaman genetik suatu organisme, dan lain sebagainya.