Hal ini ditempuh setelah terjadi kekisruhan di Surabaya yang mendesak KH Hasyim Asy'ari untuk mengeluarkan Resolusi Jihad pada 23 Oktober 1945. Di tengah kebingungan pemerintah pusat yang masih merasa lemah karena belum terbentuk Tentara Nasional resmi, berlangsunglah pertempuran Surabaya 10 November yang melibatkan langsung pasukan-pasukan Hizbullah, Sabilillah dan Mujahidin dengan persenjataan apa adanya termasuk katapel.
LAHIR DI PENGUNGSIAN
Bahu membahu terjun langsung ke medan perang mempererat persahabatan antara Zainul Arifin dan Masykur. Di masa-masa berlangsungnya Agresi Militer I dan II kedua kiai harus bergerilya di gunung-gunung dan hutan-hutan sebagai bagian dari Komisariat Pemerintah Pusat di Jawa (KPPD) selama berbulan-bulan di bawah komandan Jenderal Sudirman.
KPPD merupakan bagian dari Pemerintahan Darurat RI (PDRI) yang dibentuk di Bukit Tinggi ketika Sukarno dan petinggi-petinggi negara lainnya ditangkap Belanda di Yogyakarta. Dalam situasi gerilya itu, Kiai Masykur menawarkan Zainul Arifin untuk mengungsikan keluarga besarnya ke rumah keluarganya di Singosari, Malang. Ketika itu istri Zainul, Hamdanah sedang hamil besar anak ke 9.
Di saat Zainul dan Masykur bergerilya itulah Hamdanah melahirkan Siti Aisyah Maulida Arifin dengan pertolongan keluarga Masykur. Â Lebih dari itu, anak perempuan Zainul Arifin yang mulai remaja Siti Lies Adawiyah harus disembunyikan di bubungan atap rumah setiap kali ada tentara sekutu yang mendatangi desa-desa mencari wanita-wanita untuk diperkosa.
Keadaan begitu menekan Hamdanah Zainul Arifin tidak cukup mengeluarkan ASI bagi bayinya, atas pertolongan keluarga Kiai Masykur bayi diberi air susu kambing.
PARTAI MANDIRI
Ketika akhirnya Belanda mengakui kedaulatan NKRI di awal 1950, Zainul Arifin kembali bertugas di DPRS sedangkan Kiai Masykurpun kembali ke PBNU. Keduanya merasa sangat kehilangan ketika mentor mereka Wahid Hasyim wafat karena kecelakaan lalu lintas pada 19 April 1953. Padahal sebelumnya NU sudah keluar dari Masyumi dan menjadi partai politik terpisah yang mandiri.
Masykur masuk ke dalam Kabinet menggantikan Kiai Wahid. Zainul sendiri akhirnya memangku jabatan wakil Perdana Menteri dalam Kabinet Ali Sastroamijoyo I selama 1953-1955 dimana Kiai Masykur menjadi Menteri Agama. Kabinet ini menjadi pusat perhatian dunia ketika berhasil menyelenggarakan Konferensi Asia Afrika di Bandung pada 1955.
Usai konferensi, Arifin dan Masykur ikut rombongan Presiden Sukarno mengadakan kunjungan kenegaraan ke Arab Saudi. Di Tanah Suci, selain mendampingi Sukarno beraudiensi ke Raja Saud Abdul Aziz, Zainul Arifin dan Masykur diterima wakil perdana menteri Arab Saudi, Pangeran Faisal di istananya di Riyadh sebagai Waperdam dan Menteri Agama.
PEMILU PERDANA
