Sehingga dampak dari penyempitan dan pendangkalan ini, sungai tidak bisa menampung air dengan baik. Hulu sungai yang semakin sempit mengakibatkan air yang seharusnya bisa dialirkan menuju laut jadi meluap ke daerah pemukiman. Penyempitan dan pendangkalan sungai merupakan salah satu penyebab meluapnya air sehingga menyebabkan banjir didaerah sekitaran sungai.
d. Tidak berfungsinya drainase dengan baik
Drainase memiliki fungsi sebagai flood control atau pengendali banjir yang mengalirkan air hujan ke laut agar tidak terjadi genangan air atau banjir. Diantara penyebab tidak berfungsinya drainase sebagai flood control adalah belum tertata dan terencana dengan baik sistem jaringan drainase.
Djamaludin dkk dalam jurnal Tepat Vol.3 No.2 Tahun 2020 juga menyebutkan salah satu penyebab terjadinya banjir perkotaan adalah buruknya sistem jaringan drainase. Besarnya volume air hujan tidak sebanding lagi dengan daya tampung sistem drainase yang telah dibangun.
Air yang tergenang di badan jalan masih sering kita jumpai akibat adanya beberapa jaringan drainase lebih tinggi dari badan jalan dan tertutup tanpa ada inlet sebagai jalur masuknya air. Problem lain yang terjadi pada drainase adalah jaringan sistem drainase tidak saling terhubung satu sama lain, yakni antara sistem jaringan drainase primer dengan sistem jaringan mikro.
Kemudian penyebab lain tidak berfungsinya drainse adalah akibat dipenuhi oleh sedimen, sampah rumah tangga, semak rerumputan, serta dimensi drainase yang terlalu kecil.
Upaya Langkah Mitigasi Banjir
Menurut UU 24 Tahun 2007 tentang pannggulangan bencana, mitigasi adalah serengkaian upaya untuk mengurasi resiko bencana, baik melaui pembangunan fisik maupun peningkatan kemampuan menghadapi ancaman bencana.
Melihat kondisi banjir besar yang melanda wilayah kepualauan Natuna, maka perlu dilakukan upaya mitigasi banjir guna meminimalisir ancaman bencana banjir dan mengurangi dampak dan resiko banjir, diantaranya :
1. Naturalisasi saluran sungai.
Untuk mengembalikan kembali fungsi dan daya tampung sungai perlu dilakukan upaya naturalisasi atau normalisasi. Naturalisasi dilakukan  pelebaran atau pengerukan dengan cara -cara ramah lingkungan dan tidak merusak ekosistem sungai.Â
