8. Penculikan aktivis pada 1997/1998. Kasus ini menyebakan hilangnya 23 orang (9 orang telah dibebaskan, namun 13 orang lainnya belum ditemukan hingga saat ini).
9. Berbagai bentuk kerusuhan serta konflik antar-suku atau golongan yang menyebabkan jatuhnya korban jiwa, seperti konflik di Poso, Mesuji, dan beberapa daerah lainnya.
Nilai-nilai HAM dalam Alquran ialah sebagai berikut:
1.Alquran menjunjung tinggi nilai-nilai keadilan dan kebersamaan.
''Dan janganlah sekali-kali kebencianmu terhadap sesuatu kaum mendorong kamu untuk berlaku tidak adil.'' (QS Al-Maidah/5: 8). Ayat ini mengisyaratkan betapa pentingnya keadilan itu dan betapa perlunya jiwa besar dalam mewujudkan keadilan itu. Tidak dibenarkan rasa keadilan dikorbankan demi kepentingan subjektivitas.
2.Alquran tidak menoleransi pembinasaan diri sendiri dalam mencapai tujuan, sesuci apa pun tujuan itu. ''Dan janganlah kamu menjatuhkan dirimu sendiri ke dalam kebinasaan, dan berbuat baiklah karena sesungguhnya Allah menyukai orang-orang yang berbuat baik.'' (QS Al-Baqarah/2: 195)Menghalalkan segala cara dalam mencapai tujuan, apalagi dengan sengaja mengorbankan diri dan orang lain yang tak berdosa, tidak pernah dicontohkan Rasulullah dan para sahabatnya. Jihad yang dilakukan Rasulullah SAW tidak pernah mengesampingkan pertimbangan ijtihad (rasional) dan pertimbangan mujahadah (nurani).
3.Alquran menoleransi fleksibilitas dalam memperjuangkan sebuah cita-cita. 'Janganlah kamu (bersama-sama) masuk dari satu pintu, dan masuklah dari pintu-pintu yang berbeda-beda' (QS Yusuf/12:67). Sungguh indah maksud ayat ini, memberikan peluang kepada setiap orang untuk menempuh jalan yang berbedabeda dalam mengekspresikan pendapat masing-masing, tentunya dalam kerangka dasar yang sama.
4.Alquran tidak menoleransi pemaksaan kehendak dalam mencapai tujuan, khususnya pemaksaan kehendak keagamaan terhadap orang lain.
'Tidak ada paksaan untuk (memasuki) agama (Islam); sesungguhnya telah jelas jalan yang benar daripada jalan yang sesat' (QS Al Baqarah/2: 256).Rasulullah anutan kita hanya ditugasi menyampaikan dakwah dengan bijaksana, tidak untuk memaksa orang lain mengikuti ajaran agamanya. Kita tentu berharap agar berbagai pihak tidak terlalu jauh menyeret ayat-ayat Alquran untuk melegitimasi pola perilaku yang justru tidak sejalan dengan tujuan utama (maqashid al-'ammah) Alquran itu sendiri.
5.Alquran lebih mengedepankan persatuan dan kesatuan serta kebersamaan ketimbang perbedaan, apalagi permusuhan. 'Katakanlah: Hai Ahli Kitab, marilah (berpegang) kepada suatu kalimat (ketetapan) yang tidak ada perselisihan antara kami dan kamu' (QS Ali Imran/3: 64). Isyarat ayat ini senada dengan rumusan yang telah dirumuskan the founding father bangsa kita, Bhinneka Tunggal Ika, berbeda-beda tapi tetap satu karena adanya common platform yang sama.
6. Alquran menekankan perlunya kita bersikap kritis terhadap berbagai informasi yang diperoleh. 'Hai orang-orang yang beriman, jika datang kepadamu orang fasik membawa suatu berita, maka periksalah dengan teliti agar kamu tidak menimpakan suatu musibah kepada suatu kaum tanpa mengetahui keadaannya yang menyebabkan kamu menyesal atas perbuatanmu itu' (QS Al-Hujurat/49: 6).
