Spanyol menandatangani perjanjian damai pada tanggal 8 September 1605. Namun perjanjian ini tidak bertahan lama karena invasi Spanyol ke Ternate pada bulan April 1608. Kepala Maguindanao menafsirkan tindakan ini sebagai pelanggaran terhadap perjanjian. Karena itu, dia memerintahkan dimulainya kembali serangan militer garnisun Spanyol di Visayas Tengah. Hal ini pada gilirannya memaksa Spanyol untuk menandatangani perjanjian damai lain pada bulan Maret 1609. Perjanjian ini menghentikan perang setidaknya selama 25 tahun.
Perang dilanjutkan antara Spanyol dan Muslim pada tahun 1627 tapi saat ini perang sekarang dengan kesultanan Sulu. Hal itu dipicu penganiayaan yang dialami utusan Sulu, Datu Ache. Dalam perjalanan pulang dari Manila, kapal-kapalnya dicegat oleh orang-orang Spanyol, dan semuanya dibawa kembali ke Manila dan dipermalukan. Kejadian ini membuat marah pimpinan kesultanan. Rajah Bungsu sultan Sulu memimpin 2.000 prajurit, dan menyerang pangkalan Spanyol dan galangan kapal di Camarines Sur dan Visayas Tengah.
Pada tahun 1628, Spanyol membalas serangan Sulu ini. Mereka mengorganisir ekspedisi yang terdiri dari 200 perwira Spanyol dan 1.600 sekutu asli. Mereka mampu mengalahkan pasukan Sulu, tetapi segera mundur karena takut akan serangan balik. Meskipun mengalami kemunduran ini, kesultanan Sulu masih berhasil mengirim ekspedisi lain pada tahun 1629. Saat itu pasukan Sulu kini dikomandoi oleh Datu Ache. Mereka menyerang pemukiman Spanyol di Camarines, Samar, Leyte dan Bohol. Spanyol, juga, menyerbu Sulu lagi pada 17 Maret 1630. Mereka hampir menggandakan kekuatan mereka dari 1.600 menjadi 2.500. Namun pada saat mereka mendarat di Sulu, pasukan kesultanan sudah sangat siap untuk berperang. Dalam perang berikutnya, komandan Spanyol Lorenzo de Olaso terluka, yang mendorong pasukannya untuk mundur. Tahun berikutnya 1631, para pejuang Sulu melancarkan invasi lain yang ditujukan ke Leyte, pusat kekuasaan Spanyol di Visayas.
Di Maguindanao, Sultan Qudarat terus mengkonsolidasikan kekuasaannya di seluruh Mindanao sebagai persiapan untuk invasi baru. Para Buayan dan para pemimpin Sangil dibawa di bawah kendalinya. Dia juga menjalin kontak dengan kesultanan Sulu. Untuk mengkonkretkan kontak ini, Sultan Qudarat membuat aliansi pernikahan dengan menikahi putri Rajah Bungsu, sultan Sulu pada tahun 1632. Ini membuka aliansi politik antara dua kesultanan Mindanao dan Sulu. Kedua kesultanan ini mengerahkan serangan militer terkoordinasi dan invasi bersama Visayas Tengah. Invasi bersama pertama mereka terjadi pada tahun 1634 ketika mereka mengerahkan 1.500 prajurit yang mendarat di Dapitan, Leyte dan Bohol.
Tantangan sekarang sebelum rezim kolonial Spanyol di Manila adalah bagaimana menghentikan invasi Muslim ke wilayah yang dikuasainya. Setelah mengamati gerak-gerik militer umat Islam, orang-orang Spanyol mengubah pendekatan mereka dengan membentuk kekuatan maju di wilayah musuh sehingga tren perang dapat dibalik. Orang-orang Spanyol merebut Zamboanga dan mendirikan pangkalan militer pada tanggal 6 April 1635. Ini berlangsung selama 29 tahun sampai para pejuang Sulu mengusir mereka dari benteng mereka. Sejauh ini, ini adalah salah satu pencapaian terbesar Rajah Bungsu, sultan Sulu pada periode ini.
Kursi kesultanan Maguindanao direbut oleh Spanyol pada 13 Maret 1637. Pasukan Qudarat yang berjumlah sekitar 2.000 orang menderita kekalahan dan terpaksa pindah ke pedalaman. Tragisnya, tujuh puluh dua Muslim dipenggal dan orang-orang Spanyol meletakkan kepala mereka di paku untuk dipamerkan. Orang-orang Spanyol melakukan ini untuk menanamkan rasa takut. Namun dua tahun kemudian, pada tahun 1639, Sultan Qudarat membentuk kembali pasukannya dan memegang istananya di Pulangi. Di Sulu, serangan Spanyol berlanjut hingga Jolo, ibu kota kesultanan, jatuh setelah pertempuran selama tiga bulan pada 1 Januari 1638. Ini adalah masa Spanyol menduduki Jolo dan istana kesultanan dipindahkan ke Dungun, Tawi-Tawi. Kesultanan mereorganisasi kekuatannya dan bahkan mendapatkan dukungan dari Belanda di Batavia, Indonesia. Pada tanggal 25 Maret 1644, Rajah Bungsu mengutus putranya, Pangiran Salikala untuk tujuan ini. Setelah menyiapkan logistik, kesultanan memerintahkan serangan terakhir terhadap Spanyol dengan angkatan laut Belanda yang membombardir garnisun Spanyol di Jolo. Setelah sekitar satu tahun konfrontasi militer, orang-orang Spanyol memilih untuk menghentikan perang dan menandatangani perjanjian damai dan mengevakuasi semua pasukan mereka dari Zamboanga ke Manila karena serangan Cina yang akan datang ke Manila.
Spanyol menduduki kembali Zamboanga. Sebuah pangkalan militer besar yang dikenal sebagai Benteng Pilar dibangun, dan dengan demikian memprovokasi Kesultanan Sulu. Pembalasan segera dilakukan tetapi ini gagal untuk mengusir Spanyol. Kesultanan Sulu di bawah Sultan Badar-uddin meminta dukungan kesultanan Maguindanao dan Belanda di Batavia. Sultan Badar-uddin mengirim Datu Bandahara dan Nakhuda ke Batavia untuk meminta bantuan militer serta untuk memperkuat hubungan yang dibangun pada tahun 1644. Akhirnya, kesultanan Sulu dan kesultanan Maguindanao sepakat untuk menurunkan 104 paraw dengan kekuatan gabungan. dari 3.000 prajurit yang melakukan serangan baru di Zamboanga pada akhir Desember 1720. Namun serangan ini tidak berhasil. Namun, kesultanan Sulu tetap kukuh dalam perjuangannya mengusir Spanyol dari Zamboanga. Kedua kekuatan mengadopsi kebijakan campuran diplomasi dan militer. Ini menunjukkan bahwa tak satu pun dari mereka dapat dengan mudah dipadamkan. Melalui pertukaran utusan, meskipun ada perang, perjanjian damai ditandatangani pada 11 Desember 1726 antara kesultanan Sulu dan pemerintah kolonial Spanyol di Manila.
Selama periode ini, kesultanan Sulu memperluas hubungan luar negerinya ke Cina. Sultan Badar-uddin mengirim duta besar ke Cina pada tahun 1717; dan lagi pada tahun 1733. Tujuan dari kebijakan Cina adalah untuk menginformasikan para pemimpin Cina tentang perang panjang antara Sulu dan Manila. Kesultanan ingin meminta dukungan militer dari pemerintah Cina. Itu mungkin mendapatkan bantuan. Perjanjian damai memburuk ketika Sultan Badar-uddin berusaha untuk merebut Zamboanga pada tanggal 6 Desember 1734 sementara beberapa prajurit Sulu menyerang Taytay di Palawan utara. Sebagai tanggapan, Spanyol menyerbu Jolo pada tahun 1735 dan mengusir istana kesultanan untuk kedua kalinya, yang kemudian dipindahkan ke Dungun, Tawi-Tawi. Perang berhenti ketika kedua kekuatan menandatangani perjanjian damai lainnya pada 1 Februari 1737.
Sementara kekuatan kesultanan Sulu dan Maguindanao mendekati penurunan yang stabil, kekuatan militer Spanyol tumbuh lebih cepat ketika kapal uap diperkenalkan ke angkatan laut Spanyol. Armada Muslim tidak lagi menandingi armada modern Spanyol. Orang-orang Spanyol telah meramalkan invasi besar-besaran ketika waktu yang tepat tiba. Mereka meyakinkan diri mereka sendiri bahwa penaklukan terakhir atas Mindanao dan Sulu hanyalah masalah waktu.
5. Impian Spanyol Menaklukkan Mindanao
Meski mendapat tantangan berat, Spanyol masih terus berupaya untuk menaklukkan Mindanao. Ini dimulai dengan invasi Spanyol tahun 1851 ke Sulu dan berakhir menjelang akhir kekuasaan Spanyol di Filipina. Sebagai strategi kesultanan Sulu di bawah Sultan Pulalun yang menganggap kebal dari pasukan Spanyol, merundingkan perjanjian damai dengan musuh. Perjanjian tersebut ditandatangani pada tanggal 30 April 1851. Namun seperti perjanjian-perjanjian lain di masa lalu, perjanjian ini gagal untuk berdamai lama. Orang-orang Spanyol sudah memperhitungkan bahwa kesultanan Mindanao dan Sulu lemah untuk melawan penaklukan Spanyol. Di Manila, hierarki Katolik mengintensifkan propagandanya untuk memenangkan dukungan rakyat tentang kemungkinan perang di selatan. Roman Martinez Vigil seorang pendeta Spanyol menulis teori perang yang adil. Dia menasihati perang melawan Jolo sebagai perang yang adil, perang suci atas nama agama Kristen. Orang kaya dan kapitalis Cina di Manila menanggapi seruan ini dengan antusias.
