Perwatakannya yang humoris membuat suasana politik yang tegang dijadikannya lebih fresh dan fleksibel, namun perjuangan Gus Dur untuk menjadikan bangsa ini menjadi bansa yang cerdas dan bermatabat harus segera di teruskan oleh generasi penerus, sebab beliau harus pulang ke Rahmatullah, beliau wafat harui rabu 30 desember 2009 di rumah sakit cipto mangunkusumo Jakarta, pada pukul 18.45 akibat berbagai kompilasi penyakit, kemudian beliau diterbangkan ke Jombang untuk melanjutkan prosesi pemakaman beliau, juataan pelayat datang dan berbondong –bondong memberi penghormatan terakhir kepada beliau, tidak hanya dari warga muslim saja, namun warga non muslim juga ikut melayat, beliau dimakam kan di dekat makam kakeknya, KH Hasyim Asy’ari. Sebelum meninggal beliau sempat berziarah kemakam – makam para wali di daerah jawa timur seakan akan memberi isyarat berpamitan kepada para wali.
Hingga berminggu - minggu semenjak kepergian beliau, ucapan belasungkawa dan penghargaan nasional maupun internasional terus mengalir, menunjukkan betapa sakral sosok seorang KH. Abdurrahman Wahid.
Â
