2. Koleksi Arkeologi dan Hindu-Buddha: Museum Nasional juga dikenal karena koleksi artefak yang mencerminkan kejayaan kerajaan-kerajaan Hindu-Buddha di Indonesia. Beberapa yang terkenal adalah:
      *      Arca Bhairawa dari Padang Roco, Sumatera Barat, menggambarkan Dewa Siwa dalam wujud Bhairawa. Arca ini merupakan salah satu koleksi terbesar, dengan tinggi lebih dari 4 meter.
      *      Prasasti Tugu, peninggalan Kerajaan Tarumanegara (abad ke-5), yang mencatat pembangunan saluran irigasi pada masa Raja Purnawarman.
      *      Arca Ganesha dan Arca Buddha dari era Kerajaan Majapahit dan Sriwijaya, mencerminkan pengaruh agama Hindu dan Buddha di Nusantara.
3. Koleksi Etnografi: Koleksi ini menunjukkan keragaman budaya dari Sabang hingga Merauke, seperti:
      *      Busana adat dari berbagai suku, termasuk tenun ikat dari Nusa Tenggara dan batik Jawa.
      *      Peralatan tradisional, seperti alat musik (gamelan, angklung) dan peralatan rumah tangga tradisional.
      *      Miniatur rumah adat, termasuk rumah Tongkonan dari Toraja dan rumah Gadang dari Minangkabau.
4. Koleksi Keramik dan Manuskrip: Museum Nasional menyimpan ribuan koleksi keramik kuno yang berasal dari Tiongkok, Vietnam, dan Thailand, yang menunjukkan hubungan perdagangan Nusantara dengan bangsa-bangsa Asia sejak abad ke-9. Selain itu, museum ini memiliki koleksi manuskrip kuno, seperti:
      *      Negarakertagama, sebuah kitab sastra klasik Jawa kuno dari masa Majapahit, yang ditulis oleh Mpu Prapanca.
      *      Kitab-kitab lontar dari Bali, berisi ajaran agama, ilmu pengetahuan, dan hukum adat.
