Setelah masa revolusi pada tahun 1998 saat Indonesia masih dibawah pemerintah Presiden Soeharto, sistem pemerintahan Indonesia mengalami evaluasi besar-besaran. Pada awal masa reformasi, sistem sentralisasi yang sejak awal kemerdekaan diterapkan di Indonesia resmi digantikan dengan sistem desentralisasi.
Sistem desentralisasi sendiri merupakan bentuk penyerahan wewenang dari pemerintah pusat kepada pemerintah daerah untuk mengurus hal-hal yang berkaitan dengan daerahnya sendiri. Dari sistem desentralisasi ini lahirlah daerah-daerah otonom dalam kekuasaan NKRI, diantara daerah-daerah otonom ini ada 2 daerah yang mendapat sebutan sebagai Daerah Istimewa, yaitu Daerah Istimewa Yogyakarta dan Aceh.
Dua daerah tersebut merupakan daerah yang di-istimewa-kan karena asal-usul dan sejarahnya dan merupakan daerah khusus yang diberikan wewenang otonomi yang berbeda dengan daerah-daerah otonom lainnya.
- Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY)
Â
Terletak di Pulau Jawa bagian tengah selatan, tetapi Yogyakarta bukan merupakan bagian dari provinsi Jawa Tengah melainkan berdiri sebagai provinsi secara independen, hal ini karena Daerah Istimewa Yogyakarta merupakan daerah yang berada di bawah kekuasan swapraja kerajaan. dengan kata lain, Yogyakarta merupakan daerah berpemerintahan monarki.
Dasar Hukum pembentukan Daerah Istimewa Yogyakarta diatur dalam UU No. 3 Tahun 1950 tentang Pembentukan Daerah Istimewa Yogyakarta. Keistimewaan daerah Yogyakarta diakui oleh negara didasari dengan UU No. 13 Tahun 2012 yang juga menjelaskan wewenang, batas dan pembagian wilayah, bentuk dan susunan pemerintahan, sampai dengan penyelenggaraan pemerintahan DI Yogyakarta.
Salah satu keistimewaan DI Yogyakarta yaitu pemerintahan yang bersifat monarki. Gubernur Yogyakarta dijabat oleh Sultan Hamengkobuwono dan Wakil Gubernur dijabat oleh Adipati Paku Alam, yang nantinya akan diteruskan oleh keturunan kerajaan itu sendiri dan dilantik oleh Presiden, Sebagaimana diatur dalam UU No. 22 Tahun 1948 (yang juga menjadi landasan UU No. 3 Tahun 1950).
- Daerah Istimewa Aceh (DIA)
Selain DI Yogyakarta, Aceh juga merupakan daerah otonom yang istimewa. Aceh mendapatkan status sebagai Daerah Istimewa sejak 26 Mei 1959. Terletak di ujung utara Pulau Sumatera, Daerah Istimewa Aceh merupakan provinsi paling barat di Indonesia. Daerah Istimewa Aceh terkenal dengan tradisi adat dan agamanya yang kental. Kesultanan Aceh memiliki peranan besar terhadap penyebaran agama Islam di Indonesia, khususnya di wilayah Pulau Sumatera.
