India dan Indonesia memiliki kerja sama yang kuat di bidang pertahanan dan keamanan.
Perjanjian Kegiatan Kerjasama Bidang Pertahanan pertama antara kedua negara ditandatangani pada tahun 2001 dan diratifikasi oleh DPR pada bulan Desember 2006. Perjanjian ini berlaku hingga Desember 2016.
Perjanjian Kerja Sama Pertahanan yang baru ditandatangani untuk mencerminkan peningkatan hubungan antara kedua negara menjadi Kemitraan Strategis Komprehensif selama kunjungan Perdana Menteri India Narendra Modi di bulan Mei 2018.
Perjanjian Kerja Sama Pertahanan yang baru menekankan pada pertukaran informasi strategis serta kerja sama di bidang keamanan ilmu pengetahuan dan teknologi.
Menurut para pejabat India, kegiatan-kegiatan yang berkaitan dengan kerja sama di bidang pertahanan dan keamanan dipantau secara rutin dan bidang-bidang baru dibahas selama Dialog Menteri Pertahanan Dua Tahunan, pertemuan tahunan JDCC dan Pembicaraan Staf tingkat dinas.
Dimulainya Pembicaraan Angkatan Udara ke Staf Angkatan Udara; meningkatkan frekuensi Pembicaraan TNI Angkatan Laut ke Staf Angkatan Laut; partisipasi Pasukan Khusus dalam Latihan Angkatan Darat bilateral tahunan "Garuda Shakti"; dan terselenggaranya pelatihan khusus bagi TNI Angkatan Laut dan TNI Angkatan Udara merupakan hasil dari pendalaman kerja sama pertahanan bilateral kedua negara.
Pada JDCC ke-6 yang diadakan pada bulan Agustus 2018, kedua negara sepakat untuk memulai latihan bilateral Angkatan Laut dan Udara.
Latihan angkatan laut bilateral pertama antara India dan Indonesia "Samudera Shakti" diadakan pada bulan November 2018 di Surabaya, Indonesia, edisi kedua di Visakhapatnam dan di Teluk Benggala pada November 2019 dan edisi ketiga di bulan September 2021 di Jakarta dan Selat Sunda.
Pada Juli 2020, telah ditandatangani nota kesepahaman (MoU) tentang Keselamatan dan Keamanan Maritim antara Penjaga Pantai India dan Bakamla Indonesia.
Menurut Kedutaan Besar India di Jakarta, terdapat tren peningkatan yang jelas sejak tahun 2016 dalam upaya untuk meningkatkan kerja sama di bidang industri pertahanan.
