Sang Raja begitu terharu dengan tafsir Syekh Al Madani sehingga ia memutuskan untuk bertemu Nabi dan memeluk Islam. Raja berlayar dengan para pedagang Arab ke Arab Saudi untuk menemui Nabi Muhammad. Raja kemudian masuk Islam di depan Nabi serta melakukan ibadah haji.
Menurut Gulf News, sejarah pertemuan antara Raja India dengan Nabi Muhammad SAW telah disebutkan dalam Hadits oleh Imam Bukhari dan Abu Saeed Al Khudri. Hadits mengatakan: "Seorang raja dari India memberi Rasulullah sebotol acar yang mengandung jahe. Nabi membagikannya di antara para sahabatnya. Saya juga menerima sepotong untuk dimakan."
Raja sedang dalam perjalanan kembali dengan timnya untuk menyebarkan Islam di Kerala, tetapi sayangnya jatuh sakit selama perjalanan dan meninggal dunia. Cheraman dimakamkan di Zafar (sekarang Salalah) di Oman. Meskipun demikian, ia meninggalkan sepucuk surat kepada para putranya untuk menerima tim misionaris dan menawarkan kepada mereka semua bantuan yang diperlukan. Suratnya akhirnya disampaikan kepada kerabatnya, kepala suku Malabar yang berkuasa, melalui temannya Malik bin Dinar dan Malik bin Habib yang mengunjungi Kodungallur bersama rekan mereka. Penguasa setempat memberi mereka izin untuk membangun masjid di Kodungallur.
"Tempat suci ini sekarang berdiri sebagai kesaksian masuknya Islam secara damai ke anak benua. Itu juga merupakan simbol koeksistensi harmonis agama selama berabad-abad dan perdagangan yang berkembang antara negara-negara Arab dan India," ungkap Asian Lite baru-baru ini.
Otoritas masjid mengizinkan pengikut agama lain untuk masuk dan berdoa. Orang-orang dari semua agama mengunjungi masjid dan banyak non-Muslim melakukan Vidhyarambham (upacara inisiasi ke dunia sastra) anak-anak mereka di sini. Festival Ramadhan dan Idul Fitri dirayakan dengan kemegahan besar.
Pada saat yang sama, festival Hindu Vijaya Dashami juga dikabarkan dirayakan di masjid ini.
Keunikan Kerala adalah mereka menyambut semua budaya dan agama dengan hati yang besar.
"Kerala selalu menerima tamu dengan kehangatan, cinta dan rasa hormat. Masyarakat Kerala masih mempertahankan budaya itu. Kerala menyambut para tamu dengan tangan terbuka, terlepas dari kasta, keyakinan atau kebangsaan. Malayalees adalah orang-orang dengan hati yang besar dan merangkul semua jenis budaya, selera dan kepercayaan," tutur Mohammed Riyas, Menteri Pariwisata Kerala kepada surat kabar Gulf News pada tahun 2022.
Dalam upaya untuk melestarikan budaya kunonya, pemerintah Kerala telah meluncurkan Proyek Warisan Muziris (MHP). Di bawah rencana ini, Masjid Cheraman Juma sekarang sedang menjalani perbaikan untuk memperkuat integritas strukturalnya. Konservasi yang sekarang sedang dilakukan telah mengambil bagian dari struktur, yang ditambahkan untuk mengembalikannya ke kejayaannya di masa lalu.
Masjid ini telah mengalami beberapa renovasi dan rekonstruksi selama sejarahnya yang panjang. Diyakini bahwa renovasi besar-besaran dilakukan pada abad ke-11, ke-14 dan ke-15. Renovasi baru-baru ini dilakukan pada tahun 1974, 1984, 1994, 2001 dan 2020. Yang paling menonjol mungkin pada tahun 1504 ketika laksamana Portugis Lopo Soares de Albergaria meratakannya dengan tanah.
