Ketika Mikhail Gorbachev menjadi sekretaris jenderal partai itu pada tahun 1985, ketidakpuasan di antara orang-orang di sebagian besar republik Soviet, termasuk Azerbaijan, melonjak mencapai puncaknya. Orang-orang menginginkan kemerdekaan tetapi Gorbachev berusaha menekan gerakan kemerdekaan dengan keras di Azerbaijan yang mayoritas beragama Islam.
Sebagai seorang patriot sejati, Aliyev mengundurkan diri dari jabatannya, baik dalam partai maupun pemerintahan sebagai bentuk protes terhadap rezim represif dan diskriminatif Gorbachev pada tahun 1987. Di bawah Gorbachev, Uni Soviet memberlakukan beberapa kebijakan diskriminatif terhadap Muslim Azerbaijan.
Pada tanggal 20 Januari 1990, tragedi kelam terjadi di Baku, di mana pasukan Uni Soviet tanpa ampun membunuh pengunjuk rasa yang tak berdaya. Aliyev mengundurkan diri dari partai yang berkuasa sebagai protes.
Pada tahun 1991, Azerbaijan merdeka setelah runtuhnya Uni Soviet. Aliyev kembali ke kampung halamannya, Nakhchivan. Ia dilahirkan pada tanggal 10 Mei 1923 di Nakhchivan.
Kekacauan
Di awal 1990-an, situasi di Azerbaijan kacau dari segi keamanan, ekonomi, dan politik. Armenia, negara tetangga, dengan bantuan pasukan Soviet, merebut wilayah Azerbaijan Nagorno-Karabakh dan daerah sekitarnya. Akibatnya, ribuan warga Azerbaijan terbunuh dalam aksi genosida yang dilakukan oleh tentara Armenia. Lebih dari satu juta warga Azerbaijan mengungsi. PBB dan masyarakat dunia sangat mengutuk kependudukan ilegal Armenia. Dua puluh persen wilayah Azerbaijan masih di bawah kependudukan ilegal Armenia sampai sekarang.
Aliyev sangat sedih melihat negaranya berakhir dalam kekacauan di awal kemerdekaan negara kesayanganya.
Dia ingin memperbaiki semua masalah negaranya dan menempatkannya pada jalur pertumbuhan.
"Dia adalah seorang visioner yang hebat. Dia dulu selalu berpikir tentang masa depan dan pembangunan ekonomi negaranya," kata Mirzayev.
Dia tidak mengejar kekuasaan, menurut Mirzayev, orang-orang Azerbaijan yang meminta para pemimpin saat itu untuk membawa Aliyev ke Baku dari Nakhchivan untuk memimpin negara di saat krisis.
Aliyev menerima keinginan masyarakat dan ikut serta dalam pemilihan 1993. Dia memenangkan pemilu dan menjadi presiden negara yang ketiga. Ia terpilih kembali pada tahun 1998 dengan lebih dari 70 persen suara.
Perdamaian
Aliyev menyadari bahwa perang yang sedang berlangsung dengan Armenia membawa banyak kerugian pada perekonomian negara. Ia, seperti warga Azerbaijan lainnya, ingin bertarung sampai tanah-tanah Azerbaijan merdeka, tetapi orang-orang membutuhkan kedamaian dan mereka harus membangun kembali kehidupan mereka dari perang mengerikan yang berlangsung selama lima tahun.