Walaupun demikian, pada tahun 1956, Menteri Agama K.H. Muchammad Iljas menegaskan bahwa fungsi Kementerian Agama adalah sebagai pendukung dan pelaksana utama asas Ketuhanan  Yang Maha Esa.
Kementerian Agama terdiri dari:
1. Menteri Agama
2. Tiga staff ahli (Kelembagaan Keagaman, Manajemen Komunikasi dan Informasi, dan Hukum dan HAM)
3. Dua pusat (Pusat Kerukunan Umat Beragama dan Pusat Bimbingan dan Pendidikan Khonghucu)
4. Sekretariat Jenderal
5. Inspektoral Jenderal
6. Badan Penelitan dan Pengembangan dan Pendidikan dan Pelatihan
7. 7 Direktorat Jenderal yang membidangi Pendidikan Islam, Penyelenggaraan Haji dan Umrah, Bimbingan Masyarakat, Bimbingan Masyarakat Kristen, Bimbingan Masyarakat Katolik, Bimbingan Masyarakat Hindu, Bimbingan Masyarakat Buddha, dan Badan Penyelenggara Jaminan Produk Halal (BPJH) yang baru efektif melaksanakan tugasya pada tahun 2017.
Kementerian Agama memiliki banyak fungsi salah satunya yaitu untuk perumusan, penetapan dan pelaksanaan kebijakan di bidang bimbingan masyarakat Islam, Kristen, Katolik, Hindu, Budda dan Khonghucu. Kementerian ini juga melakukan pelaksanaan pendidikan, pelatihan, penelitian dan pengembangan di bidang agama dan keagamaan.
Lanjut Baca:Â Siapakah Muslim Uyghur dan Bagaimana Indonesia Menyikapi Kasus Ini?
