Walaupun banyak keuntungan yang didapatkan dari pelaksanaan PPDB Online ini, tetapi ternyata PPDB Online juga masih menyisakan berbagai problematika yang dihadapi oleh panitia PPDB. Diantara berbagai problematika yang dihadapi oleh panitia PPDB seperti di SMP Negeri 1 Ayah antara lain:
1. Server PPDB yang down saat banyak yang mengakses web PPDB online, hal tersebut biasanya terjadi pada hari pertama dilaksanakannya PPDB Online.
2. Masih kurangnya pemahaman masyarakat khususnya masyarakat yang tinggal di wilayah perbatasan seperti di wilayah kecamatan ayah terkait pelaksanaan PPDB online
3. Orang tua/wali lebih senang datang langsung ke sekolah dengan berbagai alasan seperti ingin sekalian melihat lokasi sekolah atau mereka lebih mantap jika langsung bertatap muka dengan panitia PPDB.
4. Jarak tempuh dari rumah ke sekolah yang tidak terlalu jauh dari sekolah juga menjadi alasan orang tua/wali lebih memilih untuk datang langsung ke sekolah.
5. Kondisi jaringan internet di sekolah pelaksana PPDB yang tidak stabil juga menjadi kendala pada pelaksanaan kegiatan PPDB online.
Berbagai problematika yang dihadapi dalam pelaksanaan PPDB online tersebut membuat antrian pendaftar pada hari pertama menumpuk di tempat pendaftaran dan cukup membuat panitia PPDB kerepotan. Walaupun begitu segala permasalahan tersebut dapat dikondisikan oleh panitia PPDB dan kegiatan PPDB dapat berjalan dengan lancar.
PPDB online yang dilaksanakan di wilayah kabupaten Kebumen khususnya di SMP Negeri 1 Ayah memang belum sempurna dan masih terdapat berbagai permasalahan tetapi bukan berarti problematika tersebut menjadi suatu yang dipermasalahkan justru hal tersebut bisa menjadi motivasi bagi seluruh pelaksana PPDB online dari tingkat sekolah sampai tingkat kabupaten agar pelaksanaan PPDB selanjutnya akan jauh lebih baik lagi, masyarakat lebih memahami teknis pelaksanaan PPDB online sehingga mereka bisa mendaftarkan putra/putrinya di rumah dengan menggunakan HP masing-masing.
