(d) Objek Wisata dan Penelitian: terumbu karang yang bagus dapat menarik minat wisatawan sehingga dapat menjadi alternative pendapatan masyarakat sekitar (Hoegh-Gulderber, 1999) serta sebagai daerah penelitian untuk mengetahui jenis ikan dan organisme laut serta kawasan terumbu karang yang belum diketahui manusia (Nababan, 2009).
Secara geografis, Raja Ampat berada pada koordinat 2o25'LU-4o25'LS dan 130o-132o55'BT. Kabupaten Raja Ampat merupakan salah satu kabupaten di provinsi Papua Barat. Ibukota kabupaten Raja Ampat adalah Waisai, yang juga merupakan pusat pemerintahan. Luas wilayah kepualauan Raja Ampat ialah 46.108 km2 yang terdiri dari 10 distrik, 86 kampung dan 4 dusun. Sebagai wilayah kepulauan, kabupaten Raja Ampat terdiri dari 610 pulau, yang termasuk kepulauan Raja Ampat dan empat pulau besar lainnya yaitu Pulau Waigeo, Batanta, Salawati dan Misool. Daerah ini memiliki panjang garis pantai 4.860 km dengan 34 pulau yang berpenghuni.
Berdasarkan konteks regional Kawasan Laut Raja Ampat masuk dalam Kawasan segitiga karang dunia dan merupakan Kawasan penting keanekaragaman hayati pesisir dan laut. Raja Ampat memiliki potensi karang dan ikan karang dengan kondisi baik dan pemandangan pantai serta pulau-pulau yang indah. Hal ini menjadikan Raja Ampat sebagai salah satu tujuan wisata laut yang banyak dikunjungi oleh wisatawan lokal dan mancanegara. Berdasarkan data dari tahun ke tahun, jumlah kunjungan wisatawan ke Raja Ampat mengalami peningkatan, hal ini berdampak pada kondisi ekonomi yang lebih baik di sekitaran Raja Ampat.
Keanekaragaman hayati khusunya ekosistem terumbu karang di Raja Ampat terbentang di wilayah dangkal di hampir semua pulau-pulau. Tipe terumbu karang yang terdapat di Raja Ampat umumnya berupa karang tepi (fringing reef), terumbu cincin (Atol) dan terumbu penghalang (barrier reef). Raja Ampat memiliki terumbu karang yang indah dan kaya akan berbagai jenis ikan dan moluska. Berdasarkan hasil penelitian, tercatat 537 jenis karang keras (CI, TNC-WWF), 9 diantaranya adalah jenis baru dan 13 jenis endemik. Jumlah ini merupakan 75% dari jumlah karang di dunia. Tercatat juga 828 (CI) dan 899 (TNC-WWF) jenis ikan karang sehingga dapat diketahui Raja Ampat mempunya 1.104 jenis ikan yang berasal dari 91 famili (Mambrisaw, dkk. 2006).
Kerusakan terumbu karang di Indonesia meningkat secara cepat. Status terumbu karang dalam kategori sangat baik di Indonesia hanya 6,5% dengan jumlah 70 site dan yang buruk memiliki persentase 36% dengan jumlah 386 site. Penyebab utama kerusakan ekosistem terumbu karang umumnya disebabkan oleh faktor alam dan faktor manusia.
Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) menyebutkan bahwa kerusakan terumbu karang mayoritas diakibatkan oleh faktor alam dan perubahan iklim. Adapun kerusakan yang diakibatkan faktor alam diantaranya adlah, gempa bumi, tsunami, perubahan suhu air laut, letusan gunung Merapi, pemangsa dan penyakit. Perubahan iklim menyebabkan terjadinya pemanasan global yang berpengaruh terhadap kondisi terumbu karang.
Terpapar sinar matahari secara langsung dan besar-besaran dapat mengakibatkan terumbu karang mengalami pemutihan, karena terumbu karang sangat sensitif terhadap pengaruh lingkungan sekitar. Pemutihan karang merupakan ancaman paling serius, karena hal tersebut tidak bisa dicegah oleh manusia dan dampaknya akan terus terjadi sampai kapanpun. LIPI menyebutkan bahwa saat ini proses pemutihan karang terjadi semakin cepat dibandingkan dekade sebelumnya, jika dulu pemutihan karang terjadi selang waktu 14 tahun sekali, saat ini frekuensi pemutihan karang bisa terjadi dalam selang waktu 6 tahun sekali.
Hal ini dapat mengganggu proses pemulihan karang. Selain faktor alam, kerusakan terumbu karang di Indonesia juga terjadi karena beragam aktivitas yang dilakukan manusia di sekitar terumbu karang seperti penangkapan ikan, kegiatan pariwisata, mencemari laut. Adanya kegiatan-kegiatan tersebut juga dapat mengancam kehidupan terumbu karang.
Kegiatan penangkapan ikan menggunakan bahan peledak mampu merusak terumbu karang, bom ikan seberat satu kilogram dapat merusak terumbu karang seluas 4,9 m2. Aktivitas pengeboman tersebut hingga saat ini masih marak terjadi di perairan Indonesia khususnya di pulau-pulau kecil yang jauh dari pengawasan pemerintah Indonesia. Kegiatan pariwisata tidak hanya bermanfaat dari sisi ekonomi, tetapi juga dapat menimbulkan kerusakan terhadap terumbu karang.
Terumbu karang merupakan makhluk hidup yang sensitif, banyak wisatawan yang menyelam dan tidak sedikit yang menyentuh bahkan membawa pulang terumbu karang tersebut dan tidak sedikit pula yang membuang sampah dilaut, hal ini bisa mengancam kehidupan terumbu karang.
Terbaru kini, adanya kerusakan terumbu karang secara besar-besaran yang diakibatkan oleh tabrakan kapal pesiar pesiar asal Inggris, Caledonian Sky di Raja Ampat. Kapal tersebut kandas dan pergerakan untuk keluar dari area kandas tersebut menabrak sekumpulan terumbu karang di Raja Ampat. Diketahui luasan terumbu karang yang mengalami kerusakan adalah mencapai seluas 1.600 m2. Akibat dari kejadian tersebut Indonesia menuntut ganti rugi sekitar 17 miliar hingga 25 miliar untuk memulihkan kondisi terumbu karang di Raja Ampat.
