Walaupun demikian, program kerjasama antara Filipina dan Amerika Serikat ini berhasil membunuh salah satu pimpinan utama Abu Sayyaf Group, yaitu Abu Sabaya pada Juni 2002 di Pantai Sibuco, kota Zamboanga Del Norte. Program ini secara signifikan telah mengurangi kekuatan Abu Sayyaf Group di Pulau Basilan.
Keuntungan terbesar dari pelaksanaan program ini dapat dilihat sebagai keuntungan di bidang politik daripada militer. Program ini berhasil memperkuat dukungan publik dan politik domestik kepada pemerintah Filipina dan Amerika Serikat. Masyarakat yang terdampak dari konflik ini sangat menghargai bantuan ekonomi dan kemanusiaan yang disertai dengan latihan militer gabungan.
Program ini mendorong ekonomi di Pulau Basilan melalui pekerjaan dari perusahaan lokal milik warga negara Amerika Serikat untuk jasa seperti binatu dan katering makanan. Tentu saja Filipina melihat bahwa bantuan yang diberikan oleh Amerika Serikat dapat dimanfaatkan dalam peningkatan kemampuan AFP dalam menangani pemberontakan Abu Sayyaf Group. Kegiatan-kegiatan yang dilaksanakan dalam program Balikatan 02-1 sangat efektif dalam mengatasi ancaman Abu Sayyaf Group di Pulau Basilan yang merupakan pusat operasi Abu Sayyaf Group.
Program Balikatan 02-1 dapat dianggap sebagai contoh pelatihan penanggulangan teroris dan misi bantuan dalam skala kecil yang sukses mengkombinasikan berbagai instrumen dalam pelaksanaannya, seperti politik, informasi, urusan sipil, ekonomi, kesehatan, dan sebagainya. Kerjasama antara Filipina dan Amerika Serikat ini dinilai cukup berhasil dalam menangani terorisme di Filipina, meskipun tidak dapat menghilangkan eksistensi dan penyebaran kelompok radikal atau kelompok teroris di Filipina seluruhnya.
