Potensi konflik dan aliansi juga menjadi isu penting. Di Kota Baru, konflik muncul antara industri baja dengan kegiatan konservasi pulau, sementara di Balikpapan, konflik terjadi antara pelabuhan dengan kegiatan konservasi dan pemukiman nelayan. Di Tarakan, konflik muncul antara industri dengan konservasi dan pemukiman nelayan.
Namun, ada juga hubungan yang saling menguntungkan antara beberapa kegiatan,
seperti antara kegiatan industri perikanan dengan pelabuhan di Balikpapan.Â
Melihat ke depan, ada kekhawatiran terjadinya hilangnya sumber daya perairan
yang akan mempengaruhi lingkungan, sosial, dan ekonomi. Konflik horizontal dan
vertikal antar pemangku kepentingan menjadi potensi konflik yang lebih besar di masa
depan.
Contoh kasus dari ketiga area ini memperlihatkan berbagai permasalahan yang kompleks. Di Kota Baru, penggunaan trawl oleh nelayan dari Jawa Tengah dan penangkapan ikan dengan bom menjadi masalah. Di Balikpapan, penggunaan jaring dasar dan kapal tanpa izin memasuki perairan menjadi isu utama. Di Tarakan, penggunaan trawl oleh nelayan Jawa Tengah dan jual beli rajungan di bawah ukuran yang diizinkan menjadi sorotan.
Penyelesaian kasus ini memerlukan pendekatan yang holistik dan terkoordinasi. Di Kota Baru, kesepakatan lokal, klaim kompensasi, dan penataan jalur penangkapan ikan menjadi langkah-langkah yang diambil. Di Balikpapan, pengawasan berkala,
penegakan sanksi, dan kegiatan kebersihan menjadi prioritas. Di Tarakan, koordinasi lintas sektor, sosialisasi, dan keterlibatan pemangku kepentingan dalam penyusunanrencana tata ruang menjadi fokus utama.
Secara keseluruhan, pengelolaan sumber daya perikanan di Kalimantanmenghadapi tantangan besar. Konflik yang kompleks dan beragam memerlukan solusiyang komprehensif dan kolaboratif untuk memastikan keberlanjutan sumber daya perikanan dan kesejahteraan komunitas yang bergantung pada sumber daya ini.