Dalam upaya perlindungan dan penegakan HAM telah dibentuk lembaga–lembaga resmi oleh pemerintah seperti Komnas HAM, Komisi Nasional Anti Kekerasan terhadap Perempuan, Peradilan HAM dan lembaga–lembaga yang dibentuk oleh masyarakat terutama dalam bentuk LSM pro-demokrasi dan HAM. Uraian masing-masing sebagai berikut.
1.           Komnas HAM
Komisi Nasional (Komnas) HAM pada awalnya dibentuk dengan Keppres Nomor 50 Tahun 1993. Pembentukan komisi ini merupakan jawaban terhadap tuntutan masyarakat maupun tekanan dunia internasional tentang perlunya penegakan hak asasi manusia di Indonesia. Kemudian dengan lahirnya UU RI Nomor 39 Tahun 1999 tentang hak asasi manusia, yang didalamnya mengatur tentang Komnas HAM ( Bab VIII, pasal 75 s/d. 99) maka Komnas HAM yang terbentuk dengan Kepres tersebut harus menyesuaikan dengan UU RI Nomor 39 Tahun 1999. Komnas HAM bertujuan:
a.      Membantu pengembangan kondisi yang kondusif bagi pelaksanaan hak asasi manusia.
b.     Meningkatkan perlindungan dan penegakan hak asasi manusia guna berkembangnya pribadi manusia Indonesia seutuhnya dan kemampuan berpartisipasi dalam berbagai bidang kehidupan.
Untuk melaksanakan tujuan tersebut, Komnas HAM melaksanakan fungsi :
1)Â Â Â Â Â Fungsi pengkajian dan penelitian. Untuk melaksanakan fungsi ini, Komnas HAM berwenang antara lain:
a.      Melakukan pengkajian dan penelitian berbagai instrumen internasional dengan tujuan memberikan saran-saran mengenai kemungkinan aksesi dan atau ratifikasi.
b.     Melakukan pengkajian dan penelitian berbagai peraturan perundang-undangan untuk memberikan rekomendasi mengenai pembentukan, perubahan dan pencabutan peraturan perundang- undangan yang berkaitan dengan hak asasi manusia.
2)Â Â Â Â Â Fungsi penyuluhan. Dalam rangka pelaksanaan fungsi ini, Komnas HAM berwenang:
a.      Menyebarluaskan wawasan mengenai hak asasi manusia kepada masyarakat Indonesia.
