1.     YLBHI (Yayasan Lembaga Bantuan Hukum Indonesia)
2.     Kontras (Komisi untuk Orang Hilang dan Korban Tindak Kekerasan)
3.     Elsam (Lembaga Studi dan Advokasi Masyarakat)
4.     PBHI (Perhimpunan Bantuan Hukum dan Hak Asasi Indonesia).
LSM yang menangani berbagai aspek HAM, sesuai dengan minat dan kemampuannya sendiri pada umumnyaterbentuk sebelum didirikannya Komnas HAM. Dalam pelaksanaan perlindungan dan penegakkanHAM, LSM tampak merupakan mitra kerja Komnas HAM. Misalnya, LSM mendampingi para korban pelanggaran HAM ke Komnas HAM. Â Di berbagai daerah-pun kini telah berkembang pesat LSM dengan minat pada aspek HAM dan demokrasi maupun aspek kehidupan yang lain. Misalnya di Yogyakarta terdapat kurang lebih 22 LSM. LSM di daerah Yogyakarta ada yang merupakan cabang dari LSM Pusat (Nasional) juga ada yang berdiri sendiri.
Â
2.3Â Â Â Â Â Â Â Permasalahan dan Penegakan HAM di Indonesia
Sejalan dengan amanat Konstitusi, Indonesia berpandangan bahwa pemajuan dan perlindungan HAM harus didasarkan pada prinsip bahwa hak-hak sipil, politik, ekonomi, sosial budaya, dan hak pembangunan merupakan satu kesatuanyang tidak dapat di pisahkan, baik dalam penerapan, pemantauan, maupun dalam pelaksanaannya. Sesuai dengan pasal 1 (3), pasal 55, dan 56 Piagam PBB upaya pemajuan dan perlindungan HAM harus dilakukan melalui sutu konsep kerja sama internasional yang berdasarkan pada prinsip saling menghormati, kesederajatan, dan hubungan antar negaraserta hukum internasional yang berlaku.
Program penegakan hukum dan HAM meliputi pemberantasan korupsi, antitrorisme, serta pembasmian penyalahgunaan narkotika dan obat berbahaya. Oleh sebab itu, penegakan hukum dan HAM harus dilakukan secara tegas, tidak diskriminatif dan konsisten.
Kegiatan-kegiatan pokok penegakan hukum dan HAM meliputi hal-hal berikut:
1.     Pelaksanaan Rencana Aksi Nasional Hak Asasi Manusia (RANHAM) dari 2004-2009 sebagai gerakan nasional