Perbaikan melalui bioremediasi mengutamakan beberapa faktor penting dalam prosesnya yakni lokasi pencemaran mesti dikenal dengan baik, jenis dan konsentrasi tumpahan minyak, serta luas sebarannya. Pada bioremediasi akibat limbah minyak bumi maka mikroorganisme yang digunakan adalah Pseudomonas putida B-2187 dan Rhodococcus erytropolis Ac-859. Bakteri ini sangat efektif dalam menguraikan polutan berbahan minyak bumi dengan memanfaatkan hidrokarbon alifatik dan aromatik sebagai substrat pertumbuhan. Secara perlahan tetapi bertahap, konsentrasi polutan akan mengalami penurunan signifikan pada tahun pertama dan kemudian melambat setelah setahun kemudian akibat jalannya pendegradasian melambar dari hidrokarbon dengan berat molekul tinggi. Ikatan hidrokarbon dengan kepekatan tinggi oleh kontaminasi minyak bumi di  tanah menyebabkan penurunan oksigen bila dibandingkan tanah non  adsorben.
Ada dua cara pelaksanaan bioremediasi yakni in situ dan ex situ. In situ berarti areal terkontaminasi akan digali dan diolah disitu juga yang terdiri dari Natural attenuation, fitoremediasi, bioventing, bioaugmentasi dan biosparging. Sedangkan ex situ, bagian yang terkontaminasi akan dipindahkan ketempat lain yang tidak tercemar yang terdiri dari ioreaktor, landfarming dan vermicomposting.
 Dari kedua cara itu terdapat perbedaan yang nampak yakni lokasi pelaksanaan dan biaya. Biaya dengan cara ex situ lebih mahal dibanding in situ  karena membutuhkan biaya untuk penggalian dan transportasi.  Namun, cara ini lebih efektif dalam perbaikan karena dapat digunakan pada berbagai polutan secara terkendali. Bukan berarti in situ kurang bagus, caranya juga sama efektif  tetapi untuk mengendalikan areal terkontaminasi dan penggambarannya kurang baik.
Dari keseluruhan teknik bioremediasi memiliki perbedaan berdasarkan hasil dan polutan yang mengkontaminasi lingkungan. Seperti tingkat pelarutannya, waktu pelaksanaan, kelebihan dan kekurangan, dan juga agen yang digunakan berupa mikroorganisme atau tanaman. Â Perbedaan tersebut tidak menjadikan bioremediasi sebagai cara memperbaiki lingkungan yang telah tercemar. Alih-alih dijadikan sebagai pemilihan yang sangat tepat karena efektifitasnya lebih optimal dibanding teknik atau teknologi lainnya.
Dengan demikian, bioremediasi hadir sebagai jawaban tepat dan efektif untuk menekan pencemaran minyak bumi dengan melibatkan mikroorganisme pengurai hidrokarbon. Pemanfaatan mikroorganisme ini merupakan teknologi yang dihadirkan untuk mengatasi permasalahan lingkungan secara aman dan ramah lingkungan. Serta, bioremediasi merupakan bagian dari bioteknologi yang terus berkembang dari masa ke masa dan menjadi harapan utama dalam menjaga lingkungan dari berbagai kerusakan oleh bahan polutan.
