[caption id="attachment_66246" align="alignleft" width="209" caption="Duly Yang Maha Mulia Tuanku Sulthan Iskandar Muda Djohan Berdaulat "][/caption] Tingkat tertinggi dalam struktur pemerintahan kerajaan Aceh adalah pemerintahan pusat, yang berkedudukan di ibu kota kerajaan, dahulunya bernama Bandar Aceh Darussalam. Dalam mengendalikan pemerintahan sultan dibantu oleh beberapa pembantu yang dan membawahkan bidangnya masing-masing. Dalam sebuah manuskrip (MS) disebutkan bahwa susunan pemerintahan pusat kerajaan Aceh terdiri atas 24 lembaga atau jabatan, yang dapat diumpamakan dengan kementerian pada masa sekarang. Nama-nama lembaga itu adalah sebagai berikut : Kerukun Katibul Muluk (Sekretaris Raja) Rais Wazirat Addaulah (Perdana Menteri) Wazirat Addaulah (Menteri Negara) Wazirat al Akdham (Menteri Agung) Wazirat al Harbiah (Menteri Penerangan) Wazirat al Haqqamiah (Menteri Kehakiman) Wazirat ad Daraham (Menteri Keuangan) Wazirat al Mizan (Menteri Keadilan) Wazirat al Maarif (Menteri Pendidikan) Wazirat al Kharijiyah (Menteri Luar Negeri) Wazirat ad Dhakhiliyyah (Menteri Dalam Negeri) Wazirat Al Auqaf (Menteri Urusan Waqaf) Wazirat az-Ziraaf (Menteri Pertanian) Wazirat al-Maliyyah (Menteri Urusan Harta) Wazirat al Muwashshalat (Menteri Perhubungan) Wazirat al Asighal (Menteri Urusan Kerja) As Syaikh al Islam Mufti Empat Syeik Kaabah Qadli al Malik al Adil (Kadi Raja yang Adil) Wazir Tahakkum Muharrijlailan (Ketua Pengurus Kesenian) Qadli Mualdlam (Kadi/Jaksa Agung) Imam Bandar Darul Makmur Darussalam Keuchik Muluk (Keuchik Raja) Imam Muluk (Imam Raja) Panglima Kenduri Muluk (Ketua Urusan Kenduri/pesta Raja) Lembaga di atas dijabat oleh orang-orang tertentu yang diangkat oleh Sultan Aceh. Selain lembaga-lembaga itu, terdapat pula tiga buah badan atau lembaga yang fungsinya hampir sama dengan lembaga legislatif sekarang. Lembaga itu turut mendampingi sultan dalam melaksanakan tugasnya. Lembaga itu adalah 1. Balairungsari, yaitu lembaga tempat bermufakat empat orang uleebalang (hulubalang empat) dan tujuh orang alim ulama serta menteri-menteri Kerajaan Aceh. 2. Balai Gadeng, yaitu tempat mufakat dari delapan orang uleebalang (hulubalang delapan) dan tujuh orang alim ulama serta menteri-menteri Kerajaan Aceh. 3. Balai Majlis Mahkamah Rakyat (DPR), yaitu sebagai tempat mufakat wakil rakyat sebanyak tujuh puluh tiga orang yang datang dari tujuh puluh tiga mukim. Selain itu, dalam naskah Kanun Meukuta Alam (dalam Pembuatan Qanun Meukuta Alam ini melibatkan 2000 Ulama seluruh Aceh) Sultan Iskandar Muda, disebut pula bahwa ada Balai Laksamana yaitu semacam markas angkatan perang, yang dikepalai oleh seorang yang disebut Laksamana, tunduk dan berada di bawah sultan. Selanjutnya ada pula yang disebut Balai Fardah, yang tugasnya memungut atau mengumpulkan wase (bea cukai). Balai ini tunduk kepada perintah perdana menteri
