Ada hal yang lucu dari hubungan kedua sahabat ini, Rudy Habibie menganggap kata Romo didepan nama YB Mangunwijaya itu adalah nama panggilan, sehingga dia tidak tahu kalau Romo itu panggilan bagi seorang Pastor.
Masih dari lanjutan pertemuan antara Rudy Habibie dan Romo Mangun diatas, dimana keakraban keduanya semakin dekat meskipun berbeda keyakinan.
"Ah, mas Romo bijak sekali, seperti pastor saja," kata Rudy.
"Lho selama ini kamu memanggil saya Romo kan, kok kaget kalau saya pastor?" ucap Romo Mangun.
"La itu kan nama mas Rama kan? Romo?" sambung Rudy.
"Bukan! saya itu Romo alias pastor, nama saya Y.B Mangunwijaya, Romo itu panggilan dalam bahasa Jawa," terang Romo Mangun.
Keduanya kemudian tertawa, dan menjadi kawan baik sejak saat itu.
Hubungan keduanya begitu akrab, sampai saat Rudy Habibie menjadi Presiden Republik Indonesia. Keduanya adalah Tokoh Besar yang pernah dimiliki bangsa ini.
Romo Mangunwijaya adalah Tokoh yang sangat menginspirasi, yang sangat mengagungkan nilai-nilai kemanusiaan, begitu juga dengan Rudy Habibie. Jadi wajar kalau keduanya bisa sangat akrab.
Ketika Romo Mangunwijaya wafat, Rudy Habibie sudah menjadi Presiden RI ke 3. Ketika Jenazahnya disemayamkan di Gereja Katedral Jakarta, datanglah Rudy Habibie ke gereja itu.
Dia berkata, "Apa boleh saya berdoa dengan cara saya, Romo Mangun adalah sahabat saya."
