Sebenarnya penyebab dari contoh permasalahan yang dijelaskan di atas adalah biasanya kebijakan yang dibuat oleh MPK yang dalam hal ini memiliki tugas sebagai lembaga legislatif biasanya bertentangan dan tidak sejalan dengan OSIS yang dalam hal ini merupakan lembaga eksekutif. Melalui faktor inilah biasa muncul konflik yang akhirnya berbuntut panjang.
Solusi dari permasalahan di atas sebanarnya kembali lagi ke kesadaran diri masing-masing organisasi terlebih pimpinan dari masing-masing organisasi. Sebagai lembaga legislatif tentunya sebelum membuat suatu aturan atau keputusan harusnya mempertimbangkan dari semua aspek dan yang paling penting harus selalu melakuakn koordinasi dengan lembaga eksekutif karena bagaimana pun yang akan menjalankan kebijakan atau keputusan tersebut adalah lembaga eksekutif.
Selain yang dijelaskan di atas, yang tidak kalah penting adalah lembaga eksekutif juga seharusnya selalu melakukan pelaporan ataupun memberikan saran terhadap lembaga legislatif agar tercipta hubungan yang baik dan saling bisa bersinergi.
Selanjutnya yang akan di bahas adalah permasalahan antar lembaga atau organisasi di tingkatan yang lebih tinggi. Berbicara mengenai organisasi formal pula tentu termasuk di dalamnya organisasi kehasiswaan. Contohnya adalah BEM yang bertindak sebagai organisasi eksekutif dan adapula organisasi pengawas dan pembuat kebijakan yang bertindak sebagai organisasi legislatif..
Berbicara tentang organisasi kemahasiswaan tentunya jika dikaitkan dengan konflik antar organisasi bukanlah hal yang asing, mahasiswa sebagai kaum intelektuan tentu memiliki pemikiran kritis sehingga jika terdapat sesuatu yang menjanggal tentu akan dikomentari dan tidak jarang memicu konflik.
Sama seperti yang telah dijelaskan di atas tentunya konflik yang muncul pasti biasanya antar lembaga atau organisasi yang bertindak atau memiliki fungsi sebagai legislatif dan eksekutif. Perbedaannya hanya dari tingkat permasalahan yang mungkin lebih kompleks dan berbuntut panjang.
Di organisasi kemahasiswaan, sering sekali terdengar kasus konflik atau cekcok antar lembaga BEM dan Badan Pengawas Organisasi, sebenarnya kedua lembaga ini memiliki kedudukan yang sama, namun posisi dari  Badan Pengawas Organisasi lebih dititik beratkan untuk membuat kebijakan serta pengawasan terhadap kinerja dari BEM yang dalam hal ini merupakan lembaga eksekutif atau lembaga yang menjalankan semua kebijakan.
Seperti yang dijelaskan di atas, karena faktor itulah sering memicu konflik karena biasa organisasi BEM tidak menerima kebijakan yang dibuat oleh lembaga legislatif ataupun cara pengawasan dari lembaga legislatif yang dianggap tidak pantas.
Terkadang permasalahan yang terjadi antar organisasi seperti yang dijelaskan di atas sangat berpotensi terjadinya konflik yang sangat besar. Terlebih apabila organisasi kemahasiswaan yang tentunya orang-orang di dalamnya sangat kritis.
Dari berbagai permasalahan yang telah dijelaskan di atas sebenarnya adalah permasalahan yang dapat dihindari agar tidak terjadi konflik. Namun hal itulah yang snagat susah karena biasanya semua organisaisi memiliki ego masing-masing, selalu merasa benar, dan kadang tidak mau mendengarkan orang lain ataupun organisasi lain.
Sebanarnya hal yang biasa terjadi juga adalah pengaruh dari pihak lain yang biasa menjadi pihak yang memanas-manasi antar lembaga yang mengalami permasalahan dengan kata lain pengadu domba sehingga semakin tidak ditemukannya titik terang dari permasalahan yang ada.
