Seorang alkimiawan sejati pertama di Eropa Zaman Pertengahan adalah Roger Bacon (1214--1294). Ia seorang Fransiskan Oxford yang mengeksplorasi bidang ilmu optik dan bahasa selain alkimia. Bacon percaya bahwa eksperimen lebih penting daripada pemikiran dan mengatakan bahwa
 "Di antara tiga cara di mana manusia merasa memperoleh pengetahuan: otoritas, pemikiran, pengalaman; maka hanya yang terakhirlah yang efektif dan mampu mendamaikan akal budi."Â
Roger Bacon juga dikenal memulai pencarian batu filosof serta obat mujarab untuk kehidupan, dan ide tentang keabadian diganti dengan gagasan tentang umur panjang.
4. Peran Pendeta dan Gereja
Sebagian besar alkimiawan pada masa ini adalah anggota kependetaan karena pendidikan yang mendalam mengenai karya-karya turunan dari bahasa Arab terbatas pada mereka yang belajar di sekolah parokial. Alkimia pada masa ini disetujui oleh gereja sebagai metode yang baik untuk mengeksplorasi dan mengembangkan teologi, dan juga menawarkan pandangan rasionalistik tentang alam semesta yang baru mulai dipahami manusia.
5. Perkembangan dan Tantangan pada Abad Empat Belas
Pada akhir abad ke-13, alkimia berkembang menjadi sebuah sistem keyakinan yang hampir terstruktur. Para ahli percaya pada teori makrokosmos-mikrokosmos dari Hermes, yang menyatakan bahwa proses yang berpengaruh pada mineral dan zat-zat lain juga akan berpengaruh pada tubuh manusia. Mereka memiliki tradisi kuat untuk membungkus ide-ide mereka dalam bahasa simbolis dan jargon yang penuh dengan teka-teki. Alkimiawan mempraktikkan seni mereka dengan bereksperimen secara aktif dengan bahan kimiawi serta membuat observasi dan teori tentang cara kerja alam semesta.
6. William of Ockham dan Pandangan Baru
Pada abad empat belas, pandangan-pandangan ini mengalami perubahan penting. William of Ockham, seorang Fransiskan Oxford yang meninggal pada 1349, menyerang pandangan kaum Thomist tentang kesesuaian antara iman dan pemikiran, dan pandangannya bahwa Tuhan hanya bisa diterima lewat iman, menghapus praktik alkimia pada abad empat belas dan limabelas. Paus Yohanes XXII pada awal tahun 1300 mengeluarkan fatwa menentang alkimia, membersihkan semua personil gereja dari praktik Seni.
7. Peran Nicolas Flamel dan Alkimia Selanjutnya
Iklim berubah akibat Black Plague, peperangan, dan bencana kelaparan yang menghambat pencarian filsafat secara umum. Alkimia dijaga oleh orang seperti Nicolas Flamel, yang menulis pada masa sulit tersebut. Flamel, yang hidup dari tahun 1330 sampai 1417, bukan seorang dari kalangan religius tetapi tertarik pada pencarian batu filsuf. Karya-karyanya banyak mengumpulkan pengetahuan alkimia yang telah ada sebelumnya.
