Berawal dari kelahiran K.H. Boesjro Sjoehada, pendekar pencak silat aliran Banjaran pada tahun 1872, sekembalinya dari Tanah Suci beliau mendirikan Pondok Pesantren Binorong di Banjarnegara, Jawa Tengah. Pondok pesantren ini kemudian berkembang pesat dan salah satu santrinya adalah Soedirman yang di kemudian hari menjadi Jenderal Panglima Besar.
K.H. Boesjro Sjoehada kemudian pindah ke Yogyakarta akibat gerakan perlawanan bersenjata yang dilakukannya sehingga ia menjadi sasaran penangkapan yang dilakukan rezim kolonial Belanda. Pencak silat aliran Banjaran yang pada awalnya dikembangkan melalui Pondok Pesantren Binorong kemudian dikembangkan di Kauman, Yogyakarta.
Atas restu K.H. Boesjro Sjoehada, pada tahun 1925 dua orang muridnya yang tangguh yang bernama A. Dimjati dan M. Wahib membuka perguruan pencak silat dan menerima murid di Kauman, yang kemudian dikenal dengan sebutan perguruan Cikauman. Perguruan ini memiliki landasan agama dan kebangsaan yang kuat. Perguruan Cikauman banyak melahirkan pendekar-pendekar muda yang akhirnya mengembangkan cabang perguruan untuk memperluas jangkauan yang lebih luas.
M. Sjamsoeddin, murid Cikauman yang dinyatakan berhasil dan lulus, diizinkan untuk menerima murid dan kemudian pada tahun 1930 mendirikan perguruan Seranoman di Kauman bagian utara. Perkembangan perguruan-perguruan ini semakin hari semakin pesat dengan pertambahan murid yang cukup banyak. Murid-murid dari perguruan ini kemudian banyak menjadi anggota laskar Angkatan Perang Sabil (APS) untuk melawan penjajah dan banyak yang gugur dalam perlawanan bersenjata.
Lahirnya pendekar-pendekar muda hasil didikan perguruan Cikauman dan Seranoman memungkinkan untuk mendirikan perguruan-perguruan baru, yang di antaranya adalah perguruan Kasegu yang didirikan pada tahun 1951 oleh M. Barie Irsjad, murid andalan M. Zahid pendekar Seranoman. Atas desakan murid-murid dari perguruan Kasegu kepada M. Barie Irsjad inilah inisiatif untuk menggabungkan semua perguruan silat yang sealiran, yaitu Cikauman, Seranoman, dan Kasegu.
Pada tahun 1963, desakan itu semakin kuat, namun mendapatkan tentangan dari para ulama Kauman dan para pendekar tua yang merasa terlangkahi. Dengan pendekatan yang intensif dan dengan pertimbangan bahwa harus ada kekuatan fisik yang dimiliki umat Islam dalam menghadapi kekuatan komunis yang melakukan provokasi terhadap umat Islam, maka gagasan untuk menyatukan kembali kekuatan-kekuatan perguruan yang terserak ke dalam satu kekuatan perguruan dimulai.
Akhirnya disepakati untuk menggabungkan kembali kekuatan-kekuatan perguruan yang terserak ke dalam satu kekuatan perguruan, yaitu mendirikan perguruan Tapak Suci pada tanggal 31 Juli 1963 di Kauman, Yogyakarta, yang merupakan kelanjutan sejarah dari perguruan-perguruan sebelumnya.
Setelah meletusnya pemberontakan G30S/PKI, pada tahun 1966 diselenggarakan Konferensi Nasional I Tapak Suci yang merumuskan pemantapan organisasi secara nasional dan perguruan Tapak Suci dikembangkan namanya menjadi gerakan dan lembaga Perguruan Seni Beladiri Indonesia Tapak Suci Putera Muhammadiyah.
Pada Sidang Tanwir Muhammadiyah tahun 1967, Tapak Suci Putera Muhammadiyah ditetapkan menjadi organisasi otonom di lingkungan Muhammadiyah karena Tapak Suci Putera Muhammadiyah juga mampu dijadikan wadah pengkaderan Muhammadiyah.
Phashadja Mataram didirikan oleh K.R.T. Soetardjonegoro pada tanggal 20 Oktober 1950 di Yogyakarta. Perguruan yang berpusat di Jalan Gayam Mangkukusuman ini hanya menerima anggota laki-laki yang sudah baligh karena laki-laki akan diberi pendidikan untuk menjadi seorang imam bagi dirinya sendiri, keluarga, dan kelak apabila menjadi pemimpin. Selain itu juga bertujuan untuk menghindarkan dari pikiran-pikiran yang negatif. Murid tidak hanya dilatih ketangkasan dalam membela diri saja, tetapi juga diberi pendidikan akhlak agar dapat menjadi orang yang bertata krama, mempunyai sopan santun, dan tidak beringas.
