Namun, proses seleksi alam terus berlangsung dan tidak ada sesuatupun yang mampu menahannya. Pada akhir abad ke-14 ideologi Islam hadir di Nusantara melalui para pedagang yang datang dari luar Nusantara. Mereka datang, selain berdagang juga menyebarkan Ideologi Islam yang dianutnya. Mereka memperkenalkan agama baru kepada masyarakat setempat, yang menurut mereka lebih baik dibanding keyakinan setempat.
Maka, terjadilah benturan ideologi antara Islam dengan keyakinan masyarakat lokal. Fakta sejarah menunjukan bahwa masyarakat Nusantara, terutama penduduk pesisir pantai mulai menerima agama Islam dan meninggalkan keyakinannya yang dianut sebelumnya. Diawali dengan munculnya kesultanan Demak, sebagai sebuah kerajaan Islam pertama di Nusantara dengan Raden Patah sebagai rajanya, agama Islam semakin menyebar dan diterima oleh masyarakat Nusantara.
Di lain pihak, kerajaan Majapahit yang masih menguasai mayoritas wilayah Nusantara mengalami kemunduran dalam banyak hal, terutama ekonomi dan pertahanan keamanan. Raja Brawijaya, sebagai penguasa Majapahit banyak mendapat tekanan dan pertentangan, baik dari dalam Istana atau dari luar. Sang Raja juga mendapat banyak masukan dari bawahannya untuk segera menindak kesultanan Demak demi keutuhan dan wibawa Majapahit.
Namun, fakta sejarah menunjukan bahwa sang Raja tidak juga bertindak memerangi Raden Patah yang adalah anak kandungnya sendiri. Alih-alih mengobarkan perang besar yang bisa memakan banyak korban, sang Raja mengalah dan memilih menyingkir dari Istana dan meninggalkan semuanya. Raja Brawijaya telah menyadari bahwa masanya dan masa kerajaan Majapahit sudah harus berakhir.
Dan sekali lagi, seleksi alam melahirkan kerajaan Islam sebagai penguasa baru wilayah Nusantara. Demikian juga mayoritas masyarakatnya beralih keyakinan menjadi penganut agama Islam, meski mereka masih mempertahankan beberapa tradisi yang telah dijalani sebelumnya. Beralihnya keyakinan masyarakat Nusantara tersebut berlangsung secara relatif damai, tanpa  benturan fisik skala besar. Semua ini berkat peran para Wali penyebar agama Islam saat itu yang juga bersedia mengadopsi tradisi-tradisi lokal yang sudah ada, sehingga membuat masyarakat Nusantara merasa tidak ada perubahan radikal yang memaksa.
Sementara itu kedatangan bangsa Belanda yang tergabung dengan VOC pada awal abad ke-16, relatif tidak merubah bentuk ideologi yang sudah ada. Agama Islam masih terus berkembang menjadi ideologi baru masyarakat Nusantara. Sepertinya, kedatangan bangsa Belanda yang berideologi Kristen tidak tertarik untuk menyebarkan secara serius ideologi mereka ke masyarakat Nusantara. Mereka lebih tertarik secara serius dan sistematis menguasai semua komoditi yang mempunyai nilai ekonomi tinggi untuk di bawa ke Eropa.
Maka, tidak heran jika selama tiga setengah abad wilayah Nusantara dikuasai oleh Belanda, masyrakatnya masih bisa bebas memeluk agama Islam dan Hindu. Tidak ada benturan yang berarti dengan ideologi Kristen yang dimiliki oleh pendatang Belanda, karena memang tidak ada tindakan secara masif untuk memaksakan penyebaran ideologi Kristen. Bahkan, terkesan Belanda tidak menginginkan masyarakat lokal meniru dan mengikuti budaya mereka. Hanya sebagian elite lokal saja yang diperbolehkan masuk ke lingkungan mereka. Sementara mayoritas masyarakat awam dibiarkan dengan budaya mereka sendiri.
Jadi, secara budaya dan keyakinan relatif tidak ada benturan dengan penjajah Belanda. Yang ada adalah benturan di bidang ekonomi, sosial dan politik, dimana terjadi pembatasan-pembatasan yang diterapkan oleh penjajah Belanda kepada masyrakat pribumi. Fakta sejarah menuliskan terjadi beberapa kali pemberontakan oleh masyarakat Nusantara kepada penajajah akibat ketidakadilan yang sangat timpang dibidang ekonomi, sosial dan politik.
Peradaban Indonesia
Indonesia lahir dan merdeka pun tidak lepas dari proses seleksi alam yang berlangsung secara cepat di dunia saat itu. Berkecamuknya perang dunia kedua membuat Jerman dengan Nazinya merubah dengan cepat peta peradaban Eropa, sementara Jepang merubah peta peradaban di Asia. Indonesia adalah hanya salah satu wilayah yang terdampak. Namun, dengan berakhirnya kekalahan Jepang pada perang kedua, membuat masyarakat Nusantara mampu menyeruak dan memproklamirkan kemerdekaannya, sehingga negara Indonesia pun terbentuk.
Begitu juga perjalanan bangsa Indonesia, tentunya tidak lepas dari proses seleksi alam. Rakyat negeri ini beberapa kali mengalami benturan antar sesama anak bangsa atau dengan kekuatan luar. Benturan dan perselisihan yang terjadi menimbulkan korban yang sangat besar, baik korban jiwa ataupun harta benda. Selain itu, memaksa rakyat negeri ini merubah beberapa kali bentuk dan system bernegara. Mulai dari system Perserikatan, Presidensiil dengan orde lama, orde baru dan orde reformasi saat ini.
