Tanggal 28 Januari 2008
Kapal tanker MT Pendopo terbakar hebat di perairan Balongan. Kapal milik Pertamina itu mengangkut 150.000 nafta dari kilang Cilacap. Saat bongkar muat di single buoy mooring yang terletak pada jarak 12 mil dari tepi pantai, tiba-tiba kamar mesin terbakar dan 20 ABK harus dievakuasi (antara.com).
Tanggal 29 Oktober 2008
Terjadi ledakan keras yang menyebabkan sejumlah pekerja terluka. Anang Noor, VP Communication Pertamina saat itu mengatakan bahwa ledakan diakibatkan akumulasi gas dan insiden tersebut tidak mengganggu suplai BBM (detik.com).
Tanggal 4 Februari 2019
Kebakaran terjadi di fasilitas milik pihak ketiga yaitu di Main Gathering Station area OGT, Oil and Gas Transportation. Peristiwa tersebut disebutkan tidak menyebabkan korban jiwa dan tidak mengganggu proses produksi (cnbcindonesia.com).
Tanggal 11 Desember 2020
Muncul api besar di cerobong asap Pertamina RU VI yang diikuti keluarnya asap pekat. Sejumlah warga Majakerta mengalami gangguan sesak napas dan muntah-muntah (tribunnews.com).
Tanggal 29 Maret 2021
Kebakaran kembali terjadi di kilang RU VI pada pukul 00.45. Sebanyak 6 orang luka bakar serius dan 1 orang meninggal dunia sebagai akibat tak langsung yaitu karena serangan jantung. Kebakaran itu juga mengakibatkan 10 gardu PLN mengalami pemadaman listrik.
Meski kehilangan produksi 400.000 barel insiden ini tidak menyebabkan gangguan suplai. Pasokan avtur ke sejumlah bandara ditalangi dari hasil produksi kilang Cilacap dan TPPI.
