       Meskipun Indonesia merupakan negara kesatuan masih ada saja organisasi atau gerakan yang ingin memecah belah kesatuan dan kedaulatan Indonesia. Gerakan-gerakan tersebut antara lain, yang pertama adalah PKI ( Partai Komunis Indonesia ), Yang kedua GAM ( Gerakan Aceh Merdeka ), Yang ketiga adalah OPM.( Organisasi Papua Merdeka ). Organisasi-organisasi tersebut memiliki tujuan yang mengancam persatuan Indonesia dan mengancam
      Kedaulatan adalah kekuatan tertinggi di semua wilayah suatu negara. Kedaulatan adalah kekuatan total untuk mengatur segala sesuatu yang ada di wilayah suatu negara tanpa campur tangan dari negara lain.
      Yang pertama kita akan membahas tentang gerakan PKI ( Partai Komunis Indonesia ). Partai Komunis Indonesia ( PKI ) adalah partai politik yang dibubarkan di Indonesia. Partai Komunis Indonesia adalah Partai Komunis non-penguasa terbesar di dunia setelah Uni Soviet dan Cina.Partai ini dibubarkan pada tahun 1965 dan dilarang pada tahun berikutnya. Setelah Jepang menyerah pada tahun 1945, PKI muncul kembali di panggung politik dan berpartisipasi aktif dalam perjuangan kemerdekaan Belanda.
Banyak angkatan bersenjata berada di bawah kendali atau pengaruh PKI. Meskipun milisi PKI memainkan peran penting dalam pertempuran dengan Belanda, Presiden Sukarno khawatir bahwa pengaruh PKI yang semakin besar pada akhirnya akan mengancam statusnya. Selain itu, pertumbuhan PKI telah menyebabkan lebih banyak masalah di sektor sayap kanan daripada pemerintah Indonesia dan beberapa kekuatan asing, terutama antusiasme anti-Komunis Amerika Serikat secara keseluruhan. Dengan demikian, hubungan antara PKI dengan kekuatan lain yang juga memperjuangkan kemerdekaan biasanya terjalin erat. Tujuan PKI di Indonesia yaitu karena ingin mendirikan negara soviet Indonesia  serta menggantikan Pancasila sebagai dasar negara Indonesia dengan paham komunis.
      Pembahasan kedua akan membahas tentang GAM ( Gerakan Aceh Merdeka ). Gerakan Aceh Merdeka ( GAM ) adalah Organisasi separatis yang bertujuan untuk mempersatukan Aceh dengan Negara Kesatuan Republik Indonesia. Sejak tahun 1976, konflik antara Pemerintah Indonesia dan GAM bermula dari perbedaan keinginan ini yang terus berlanjut dan menelan korban hampir 15.000 orang. Gerakan ini juga dikenal dengan nama Aceh Sumatra National Liberation Front (ASNLF).
GAM dipimpin oleh Hasan di Tiro, telah tinggal di Swedia selama hampir 30 tahun dan berkewarganegaraan Swedia. Pada tanggal 4 Desember 1976, pendiri Gerakan Aceh Merdeka, Hasan di Tiro (Hasan di Tiro) dan beberapa pengikutnya mempublikasikan pidato menentang pemerintah Indonesia di Harimon Hills, pernyataan Kabupaten Piede. Saat GAM berdiri, nama resmi yang digunakan saat itu adalah AM, Aceh Merdeka. Pemerintah Indonesia menamakan gerakan GPK-AM dari tahun 1980-an hingga 1990-an.
Gerakan penindasan dan perlawanan bersenjata ini mendapat reaksi keras dari pemerintah pusat Indonesia, yang akhirnya melakukan operasi militer di Aceh atau dikenal dengan DOM (Military Operations Zone) dari akhir 1980-an hingga akhir 1990-an. Tindakan ini memaksa militan AM untuk melanjutkan perjuangan mereka di pengasingan. Ketika rezim Orde Baru berakhir dan reformasi dilakukan di Indonesia, pada saat yang sama Gerakan Aceh Merdeka kembali eksis dengan nama GAM. Konflik antara pemerintah Indonesia dan GAM berlanjut hingga pemerintah memberlakukan darurat militer di Aceh pada tahun 2003.
Konflik tersebut melalui beberapa prosedur dialog, namun gagal mencapai penyelesaian mufakat antara pemerintah Indonesia dan aktivis GAM. Konflik sedikit banyak menekan aktivitas bersenjata GAM, banyak aktivis GAM yang melarikan diri dari Aceh dan melarikan diri ke luar negeri. Bencana alam gempa bumi dan tsunami pada tanggal 26 Desember 2004 memaksa pihak yang bertikai untuk kembali ke meja perundingan di bawah inisiasi dan mediasi pihak internasional. Pada 27 Februari 2005, GAM dan pemerintah Indonesia memulai tahap negosiasi di Vantaa, Finlandia.
Mantan Presiden Finlandia Martin Ahtisaari (Martti Ahtisaari) menjabat sebagai tuan rumah. Setelah 25 hari perundingan, pada 17 Juli 2005, tim perunding Indonesia berhasil mencapai kesepakatan damai dengan GAM di Vantaa, Helsinki, Finlandia. Nota Kesepahaman tentang Perjanjian Damai ditandatangani pada tanggal 15 Agustus 2005. Selanjutnya, tim Aceh Monitoring Mission (AMM) memantau proses perdamaian yang terdiri dari lima negara ASEAN dan beberapa negara anggota. Uni Eropa.
Poin pentingnya adalah pemerintah Indonesia akan membantu mendorong pembentukan partai politik lokal di Aceh dan memberikan amnesti kepada anggota GAM. Padahal, meski sudah damai, sejauh ini masih ada persoalan yang belum ditemukan jalan keluarnya. Misalnya tentang tapol Aceh yang masih berada di Chipinan Jakarta, seperti Ismuhadi Jaffa. Selain soal kesejahteraan mantan kombatan GAM, hanya segelintir elit yang bisa menikmati persoalan tersebut.
      Pembahasan yang terakhir adalah OPM ( Organisasi Papua Merdeka ). Organisasi Papua Merdeka (OPM) adalah organisasi yang didirikan pada tahun 1965 untuk mengakhiri pemerintahan Provinsi Papua dan Papua Barat (sekarang dikenal sebagai Irian Jaya) di Indonesia. Gerakan tersebut dilarang di Indonesia dan memicu kemerdekaan provinsi tersebut, yang berujung pada pengkhianatan.
