Stupa-stupa Buddha di Candi Muaro Jambi memiliki bentuk yang khas, umumnya berbentuk bulat atau setengah bulat. Struktur utama dari stupa-stupa ini terdiri dari tiga bagian utama, yaitu basis (pada umumnya berbentuk kubus atau heksagonal), tubuh stupa (berbentuk bundar atau silindris), dan harmika (menara kecil yang menonjol di puncak stupa). Stupa-stupa ini dibangun menggunakan batu-batu alam yang diatur secara rapi. Batu-batu ini dipilih dengan cermat untuk kekuatan dan daya tahan terhadap cuaca. Bagian-bagian stupa, seperti basis, tubuh stupa, dan harmika, memiliki struktur internal yang terbuat dari batu bata untuk memberikan dukungan yang kuat.
Selain itu, di Candi Muaro Jambi terdapat Pohon Bodhi. Pohon Bodhi merupakan pohon tempat Siddharta Gautama berdiam diri hingga menemukan pencerahan. Pohon Bodhi ini ditanam kembali pada masa pemerintahan SBY. Selain itu, terdapat juga Pohon Buli yang digunakan sebagai obat oleh masyarakat sekitar. Di Candi Muaro Jambi juga terdapat gapura, yang merupakan tempat ibadah agama Buddha.
