Sehingga nantinya dikhawatirkan jika Komisi Ombudsman Nasional melakukan tindakan high profile yang menyebabkan fluktuasi politik, Komisi Ombudsman Nasional dapat dengan mudah dicabut kapan-pun oleh Presiden saat itu.
Tetapi dalam sejarahnya Komisi Ombudsman Nasional memang pernah berbeda pendapat dengan Presiden. Terjadi pada saat pemilihan ketua Mahkamah Agung tahun 2001, Presiden K.H. Abudurrahman Wahid tidak mau memilih satu dari dua orang calon Ketua Mahkamah Agung yang sudah diusulkan oleh DPR. Karena menurut Presiden K.H. Abudurrahman Wahid "Idealnya, Ketua Mahkamah Agung adalah orang yang bersih dan tidak terlibat dengan rezim Orde Baru". Â Padahal berdasarkan pasal 8 ayat (1) Undang-Undang Nomor 14 tahun 1985 tentang Mahkamah Agung yang berbunyi:
"Hakim Agung diangkat oleh Presiden selaku Kepala Negara dari daftar nama calon yang diusulkan oleh Dewan Perwakilan Rakyat."
Pasal 8 ayat (1) Undang-Undang Nomor 14 tahun 1985 tentang Mahkamah Agung tersebut bersifat imperatif dan tidak memberikan alternatif tindakan lain yang dapat dilakukan oleh Presiden. Oleh karena itu Komisi Ombudsman Nasional memberikan rekomendasi yang isinya menyarankan K.H. Abudurrahman Wahid selaku Presiden harus memilih dan menetapkan satu dari dua calon yang sudah diusulkan oleh DPR. Dan akhirnya Presiden K.H. Abudurrahman Wahid mengikuti saran Ombudsman yang memilih Prof. Dr. Bagir Manan, S.H, MCL sebagai Ketua Mahkamah Agung yang baru.
Dan keuntungannya dari strategi low profile tersebut memang menghasilkan banyak dukungan yang kuat, dimana pada akhirnya terdapat pencantuman kata Ombudsman dalam Undang-undang Nomor 25 tahun 2000 tentang Propenas dan juga adanya TAP MPR Nomor VII/MPR/2001 yang memberikan mandat kepada eksekutif dan legislatif agar menyusun Undang-undang Ombudsman. Hingga akhirnya pada tahun 2004 terbentuknya Undang-Undang Nomor 37 Tahun 2004 Tentang Ombudsman Republik Indonesia yang disahkan di Jakarta pada tanggal 7 Oktober 2008 oleh Dr. H. Susilo Bambang Yudhoyono
Memang sejarah berdirinya Ombudsman di Indonesia berbeda dengan sejarah Ombudsman di Swedia, dimana berdirinya Komisi Ombudsman Nasional karena transisi Orde Baru menuju Demokrasi. Sedangkan Ombudsman di Swedia terinspirasi karena pengawasan dalam sistem Turkish Office of Chief Justice. Tetapi pada dasarnya terdapat kesamaan dalam hal kerendahan hati seorang pemimpin yang sedang berkuasa karena bersedia membentuk lembaga yang nantinya pasti akan mengawasi dan mungkin akan bersebrangan dengan dirinya sendiri.
