Sejumlah pakar menilai ada keterlibatan Ketua Umum PDIP Megawati dalam kasus SKL BLBI. Bagaimanapun, Syafruddin adalah pelaksana dari sebuah peraturan yang memungkinkan SKL diberikan kepada debitur BLBI yang bandel.
Peraturan yang dimaksud adalah Inpres 8/2002 tentang Pemberian Jaminan Kepastian Hukum kepada Debitur yang Telah Menyelesaikan Kewajibannya atau Tindakan Hukum kepada Debitur yang Tidak Menyelesaikan Kewajibannya Berdasarkan Penyelesaian Kewajiban Pemegang Saham.
Inpres 8/2002 itu ditandatangani Megawati Soekarnoputri, presiden ketika itu, pada tanggal 30 Desember 2002. Mengenai kasus tersebut, Jokowi menunjukan sikap membela Megawati. Jokowi mengatakan bahwa kebijakan yang dikeluarkan Megawati kala itu untuk menyelesaikan persoalan-persoalan yang ada. Jadi, tidak bisa langsung dikaitkan dengan dugaan korupsi yang ada. Jokowi menyarankan untuk bertanya saja ke KPK untuk hal yang lebih detil.
Anehnya, pada saat KPK tengah mengumpulkan bukti-bukti dalam kasus SKL BLBI, Ketua KPK saat itu Abraham Samad ditetapkan sebagai tersangka oleh Bareskrim Polri dalam kasus pemalsuan dokumen.
Menurut anak ketiga dari mantan Presiden Soekarno, Rachmawati Soekarnoputri, Abraham Samad ditetapkan sebagai tersangka karena hendak membongkar kasus Bantuan Likuiditas Bank Indonesia.
Adik Megawati itu pun menyayangkan sikap polisi yang menersangkakan Abraham Samad dan Wakil Ketua KPK Bambang Widjojanto. Padahal, Presiden Jokowi sudah menyatakan bahwa jangan ada pimpinan KPK dan Polri yang dikriminalisasi.
SBY yang  sering dikritik  sebagai peragu justru lebih tegas  dan jelas sikapnya dibanding Jokowi dalam soal pejabat yang menjadi tersangka kasus korupsi. Presiden Jokowi pernah ragu dalam menentukan sikap terhadap  calon Kapolri  Komisaris  Jenderal  Budi Gunawan. Padahal  Budi  sudah dinyatakan sebagai tersangka  kasus rekening gendut oleh Komisi Pemberantasan Korupsi.
Gagal menargetkan Budi sebagai Kapolri, mantan ajudan Presiden ke-5 RI Megawati itu malah dilantik sebagai Kepala Badan Intelijen Negara (BIN) oleh Presiden Jokowi.
Situasi itu amat berbeda dibanding era Presiden Yudhoyono.  Jauh hari, SBY  menegaskan kesiapannya  bila anak buahnya dijerat kasus korupsi.  Si pejabat itu mesti mengundurkan diri, kalau tidak dicopot jabatannya.
Menteri  Pemuda dan Olaharaga Andi Mallarangeng  merupakan salah satu contoh. Andi dijerat  kasus  proyek Hambalang oleh  KPK.  Ia  akhirnya menyatakan mundur dari kabinet dan dari Partai Demokrat, Jumat, 7 Desember 2012.
Hal itu juga terjadi pada menteri yang lain seperti  Menteri Energi dan Sumber Daya Mineral Jero Wacik yang dijerat kasus  suap  proyek migas.  Jero mundur  dari jabatannya pada  September 2014.
