Isu Polri diintervensi Politisi dalam gejolak tajam, Badai lalu ini diangkat kembali Abdurrofi untuk sebuah pelajaran dari pergolakan di intitusi polri. Kebijakan Presiden Megawati dengan mengangkat Kapolri Bimantoro. Demikianlah, belum seminggu Gus Dur tumbang Mahkamah Agung mengeluarkan fatwa bahwa Keputusan Gus Dur dalam masalah kekacauan.
Compang-camping kegagalan Kapolri Bimantoro dan Menkopolhukam SBY
Pada 30 Mei 2001, Kapolri Bimantoero dan Menkopolhukam SBY diminta hormat Presiden Gus Dur karena mereka gagal menangani kerusuhan di Pasuruan, Jawa Timur. Intervensi Gus Dur ini tidak berdasar sehingga dianggap politisasi lembaga Polri.
Berkat dukungan  seratusan jendral, Kapolri Bimantoro berani berbicara kepada pers menolak pengunduran diri pada 1 Juni 2001. Berbeda dengan SBY yang manut kepada Pak Kyai Gus Dur dengan hati berkaca-kaca dan tidak memiliki penghasilan pulang dengan pemecatan. Ia mengandalkan penghasilan tabungan seadanya untuk biaya hidup AHY dan Ibas.
Berdasarkan Keppres No. 41/Polri/2001 dibentuk Wakapolri untuk mengganti  tugas Kapolri, Ismail menggantikan tugas Kapolri Bimantoro dinonaktifkan Politisi NU, Pak Kyai Gus Dur. Pergolakan anti-Gus Dur terjadi di tubuh Polri. Malam hari pada 2 Juni 2001 solidaritas Polda se-Indonesia mendukung Kapolri yang dinonaktifkan.
Betul, 3 Juni 2001 pada pagi terdapat rapat antara Bimantoro dan Ismail membentuk strategi atas sewenang-wenang Presiden di institusi Polri. Didisain depan media, ismail bertemu lembaga legislatif sebagai pembuat regulasi yakni DPR sedangkan Kapolda Metro Jaya, Sofyan konfrensi Pers bahwa mereka hanya mengakui kepemimpinan Kapolri yang sah, yang lain tidak.
Pak Kyai Gus Dur merancang agar kapolri tunduk dan patuh seperti SBY. Budaya Nahdiyin manut dan takdzim diterapkan di lembaga Polri dan kementerian RI. Namun 4 Juni 2001 terdapat 4 mantan Kapolri Awaludin, Sanusi, Rusman dan Hasan menemui Bimantoro. Purnawirawan tersebut menolak intervensi pak Kyai terhadap intervensi Polri kepada juru bicara Presiden Gus Dur, Yahya C. Staquf.
Apel Siaga Konsolidasi TNI/Polri Kecuali Angkatan Udara
Gagasan Apel Siaga konsolidasi didiesain selanjutnya Perintah Bimantoro bahwa perintah Apel Siaga di monas 7000 kesatuan polri dan gabungan TNI AD dan TNI AL kecuali TNI AU. Kemudian, sembilan fraksi DPR mengakui Bimantoro. Sementara itu, Menteri Agum Gumelar sesuai perintah Presiden Gus Dur, bahwa Bimantoro untuk pensiun dini terhadap agar damai di Polri.
Apa yang terjadi, semakin panas gesekan antara politisi NU dan Polri, Para lulusan Akpol terdidik ini memiliki satu frekuensi bahwa Kapolri Bimantoro tidak layak dinonaktifkan Presiden. Namun tidak semua mendukung dan berkhianat karena takut dengan Presiden Gus Dur. Sejumlah petinggi Polri meminta bantuan Akbar Tanjung untuk menolak Keppres dari Presiden tersebut.
Dari sepuluh fraksi,Akbar Tanjung menyampaikan bahwa hanya fraksi PKB dari Pak Kyai Gus Dur tidak mendukung. Mayoritas Fraksi menjaga kedaulatan polri sesuai Tap MPR No. VII tahun 2000 terhadap keamanan bangsa dan negara, Tak heran Cak Imin membersihkan PKB dari pengaruh Gusdur atau Gusdurian yang super fanatik seperti FPI pada Habib Rizieq.
