PUI sama dengan Nahdlatul Ulama berada di dalam pemerintahan karena gerakan K.H. Abdul Halim dan K.H. Ahmad Sanusi bersifat politik melalui anggotanya yakni Raden Syamsuddin menjadi Walikota Sukabumi Pertama, Menteri Penerangan, dan juga Wakil Perdana Menteri I pada Kabinet Amir Sjarifuddin II.
NU dan PUI menilai tidak semua tradisi Nusantara buruk dan tradisi bisa memberikan inspirasi untuk memodernisasi Islam sementara Muhammadiyah dan Persis menilai tidak semua tradisi Nusantara baik sehingga terjadi gerakan pemurniaan (purifikasi) Islam karena ada tradisi yang jelas-jelas bertentangan dengan syariat Islam.
Mereka terkesan saling berlawanan dalam interaksi dengan dunia yang lebih luas dan sebagai bagian dari sistem yang dinamis disebut amar ma'ruf nahi munkar  tersebut menggambarkan pembagian peran organisasi yang paling mendasar dan mendalam.Â
Amar ma'ruf nahi munkar dilakukan sesuai kemampuan mereka, yaitu NU dan PUI  dengan tangan kekuasaan jika mereka adalah penguasa atau mereka mempunyai jabatan sementara Muhammadiyah dan Persis  dengan lisan atau minimal membencinya dalam hati atas kemungkaran yang ada, dikatakan bahwa ini adalah selemah-lemahnya iman seorang mukmin.
Demikian organisasi masyarakat yang berbentuk perhimpunan yang mewadahi seluruh Sntri dan Ulama baik dari NU, Muhammadiyah, Persis, hingga PUI miliki afiliasi Islam Sunni atau lebih dikenal atau Ahlus-Sunnah wal Jama'ah (ASWAJA) berjuang untuk Indonesia merdeka lahir dan batin dengan menjadi empat pilar keutuhan NKRI.
