Segara dalam bahasa Jawa artinya laut atau lautan, sedangkan anakan artinya anak. Dalam peta lama yang diterbitkan oleh Belanda pada tahun 1809, Segara Anakan ditulis sebagai Kinder Zee (lihat peta dibawah).Â
Secara administratif, Segara Anakan dan pulau Nusa Kambangan terletak di wilayah Kabupaten Cilacap, Provinsi Jawa Tengah. Data Dinas Kelautan, Perikanan, dan Pengelola Sumber Daya Segara Anakan Cilacap menyebutkan, pada tahun 1903 luas Segara Anakan masih 6.450 hektare. Pada tahun 2000 luasnya menyusut hingga tinggal kurang dari 20% atau hanya seluas 1.200 hektare. Tahun 2015 Segara Anakan kembali menyusut hingga tinggal 400 hektare.Â
Luas Segara Anakan semakin menyusut. Jika kita lihat di google maps, perairan Segara Anakan hanya sedikit tersisa. Pulau Nusa Kambangan hampir menyatu dengan pulau Jawa. Masalah utama penyebab penyusutan Laut Anakan adalah proses pendangkalan (sedimentasi).Â
Sungai-sungai besar yang bermuara di Segara anakan seperti sungai Citanduy, Cibeureum dan Cimeneng serta sungai-sungai kecil lainnya membawa lumpur (sedimen) dalam jumlah besar. Menurut Balai Besar wilayah Sungai Citanduy, jumlah Lumpur yang masuk ke Segara Anakan mencapai 5 juta m3 per tahun.
Lumpur-lumpur yang masuk ke Segara anakan akan mengendap dan membentuk daratan baru. Dengan kondisi seperti ini, hanya tinggal menunggu waktu Segara Anakan benar-benar hilang. Bukan suatu yang mustahil dalam waktu dekat, pulau Nusa Kambangan akan segera menyatu dengan pulau Jawa.Â
Fenomena alam seperti ini juga pernah terjadi di Pulau Jawa sekitar 400 tahun yang lalu. Kota-kota Pantura yang sekarang bernama Jepara, Kudus dan Pati dulu terpisah dari Demak dan daratan Pulau Jawa.Â
Ketiga kota ini dulunya terletak di Pulau Gunung Muria yang dipisahkan oleh selat (laut sempit) Muria atau selat Juwana. Sedangkan Demak berada di pesisir pantai Pulau Jawa.Â