Pada Tahun 1962 di Kalurahan Wonokromo, Kapanewon Pleret, Kabupaten Bantul didirikan Lembaga Pendidikan dengan nama "PGA Bapendan" (Pendidikan Guru Agama Badan Pendidikan An-Nahdloh) atas prakarsa para tokoh, antara lain Raden Irsyad, Muhammad Syifa, Ja'far Salim, Raden Muhdi, Badawi Abdul Rohman, Bakhiroh Mahfudz, dan Zainuri Ismail. Raden Irsyad sebagai Lurah Wonokromo bersama-sama tokoh setempat berkeinginan agar Kalurahan Wonokromo bisa menjadi tempat pendidikan.
Pada awalnya PGA Bapendan didirikan di atas tanah kas Kalurahan Wonokromo dan dibangun oleh Pemerintah Kalurahan Wonokromo. Sebagai Kepala PGA Bapendan pada waktu itu ialah Bapak Basuni, S.H. Dalam proses lebih lanjut PGA Bapendan Wonokromo mengalami perubahan nama menjadi MAN Wonokromo. Seiring berjalannya waktu MAN Wonokromo berganti nama menjadi MAN 3 Bantul pada tahun 2017 atas dasar KMA nomor 372 tahun 2015.
MANTABA (MAN 3 Bantul) menyelenggarakan berbagai kegiatan dalam memperingati harlahnya yang ke-62. Mulai dari bakti sosial, lomba, dan kegiatan lain diadakan untuk memeriahkannya. Bakti sosial yang dilakukan antara lain berupa bantuan air bersih, pakaian layak pakai, dan alat kebersihan bagi yang membutuhkan. Bakti sosial yang lain berbentuk silaturahmi ke pendiri MANTABA.
MANTABA berkesempatan menjalin silaturahmi ke salah satu pendiri yaitu KH Chofif di Pundong, Bantul pada Senin (12/8/24). Dalam lawatannya, perwakilan MANTABA menyampaikan ucapan terima kasih atas jasa-jasa para pendiri. Sumbangsih para muasis menjadi tonggak sejarah dan kontribusi penting bagi pendidikan di Kapanewon Pleret dan sekitarnya. Sebagai bentuk perhatian dan apresiasi, MANTABA memberikan sedikit bantuan kepada KH Chofif yang berhasil ditemui di kediamannya.
