Awalnya Pertamina mempunyai 7 kilang pengolahan minyak (Refinery Unit) yaitu RU Pangkalan Brandan, RU II Sungai Pakning dan Dumai, RU III Plaju, RU IV Cilacap, RU V Balikpapan, RU VI Balongan dan RU VII Kasim Papua.
Kilang minyak Pangkalan Brandan telah tutup pada 2007 sehingga kini hanya 6 RU saja beroperasi sebagaimana disebutkan di atas.
Hampir seluruh RU tersebut pernah mengalami peristiwa kebakaran termasuk RU Brandan yang terjadi 13 Agustus 1947 yang dibakar dengan sengaja oleh pasukan TNI (saat TRI) daripada jatuh sia-sia ke tangan Belanda setelah ditingalkan Jepang yang kalah perang.
RU II Sungai Pakning-Dumai juga pernah terbakar. Meskipun dapur pengaolahan minyak mentah yang ludes diamuk si jago merah pada 3/11/2015 namun sempat menghentikan aktifitas pengolahan minyak beberapa hari di RU II.
RU III Plaju adalah RU tertua dan pertama Indonesia milik Pertamina. Sumurnya peninggalan Belanda telah berusia 100 tahun lebih dan masih beroperasi. Kilang ini pernah mengalami insiden kecil kebakaran pada jalur pipanya akibat disabotase oleh pencuri minyak dekat kawasan RU.
RU VII Kasim, Papua juga pernah terbakar pada 18/12/2020.
Hal sama terjadi di RU V Balikpapan pada 15/8/2019, 19/6/2020 dan terkini 26/3/2021 atau tiga kali berturut-turut dalam 3 tahun.
Pada 29/3/2021 RU VI Balongan juga terbakar. Ada 4 tangki dari 71 tangki yang terbakar akibat sambaran petir. Menurut informasi kilang minyak yang mulai beroperasi sejak 1995 ini sebelumnya juga terbakar pada Oktober 2007 dan 4/1/2019.
Diantara RU paling sering terbakar adalah RU IV Cilacap. Diresmikan pada 24/8/1976 (dibangun 1974) RU tersebut "bertugas" memperoses minyak mentah dari Timur Tengah menjadi BBM.
Kilang yang menjadi andalan 34% BBM nasional dan 60% BBM pulau Jawa ini sebelumnya pernah terbakar 6 kali yaitu :
