Sejak awal penunjukkan HM Prasetyo menjadi Jaksa Agung sudah menuai kontroversi. Bagaimana tidak, pemilihan Prasetyo sudah tidak sesuai dengan ucapan awal Presiden yang tidak bakal menunjuk kader partai untuk posisi penegak hukum. Namun pada kenyataannya kader Nasdem tersebut yang tetap dilantik oleh Jokowi.
Hingga saat ini sudah 2,5 tahun Prasetyo memangku jabatan sebagai pimpinan tertinggi korps Adhyaksa. Selama menjabat tersebut, sudah banyak peristiwa yang membuat publik terheran-heran dan mempertanyakan apa yang terjadi.
Berikut ini 10 peristiwa kontroversial dari berbagai catatan:
1. Jaksa mengajukan banding terhadap putusan Pengadilan Negeri Jakarta Utara terkait dengan kasus Ahok (Mei 2017)
Menjadi barang langka jika jaksa sebagai penuntut melakukan banding keputusan hakim. Pengacara Ahok saja sudah menarik banding mereka sebagai bukti menerima keputusan, kenapa jaksa malah melakukan banding. Dan untuk urusan ini Jaksa Agung turun langsung memberikan keterangan, berbeda dalam awal perjalanan kasus yang terkesan tergesa-gesa melanjutkan ke pengadilan.
2. Jaksa tiba-tiba mengundur membacakan tuntutan dan menuntut dengan hukuman percobaan
Sebelum membacakan tuntutan, jaksa penuntut umum sangat yakin menuntut Ahok dengan pasal-pasal yang telah disodorkan diawal persidangan. Namun secara tiba-tiba mereka mengundurkan pembacaan tuntutan dengan alasan belum selesai pengetikan, dan JPU menyebutkan tidak yakin dengan pasal tersebut. Dan saat pembacaan juga terjadi keanehan, karena tidak biasanya jaksa menuntut terdakwa dengan hukuman percobaan. Selama ini hukuman percobaan merupakan kewenangan hakim.
3. Ada 33 kasus korupsi kakap dihetikan kejaksaan
Dari data yang dirilis ICW, setidaknya ada 33 kasus korupsi mulai tingkat Kejagung, Kejaksaan Tinggi, dan Kejaksaan Negeri yang dihentikan selama  Prasetyo menjabat sebagai Jaksa Agung. Total tersangka yang dibebaskan ada 58 orang.  Alasan dihentikan tidak adanya kerugian negara yang ditimbulkan. Alasan lainnya, penyidik tidak memiliki cukup bukti untuk menaikkan ke proses selanjutnya.
4. Predikat Kejagung jatuh pada tahun 2016
Berdasarkan hasil audit BPK atas Laporan Keuangan Kementerian Negara/Lembaga tahun anggaran 2015 menyebutkan Kejagung turun kelas dari predikat Wajar Tanpa Pengecualian (WTP) menjadi Wajar Dengan Pengecualian (WDP).
Berdasarkan audit BPK tahun 2016 atas keuangan kejaksaan, ditemukan adanya piutang uang pengganti yang ada di neraca per 31 Desember 2015 sebesar Rp15,6 triliun. Uang pengganti tersebut berada di Bidang Pidana Khusus sebesar Rp5,8 miliar (37,28%), pada Bidang Perdata dan Tata Usaha Negara sebesar Rp 9,8 miliar (62,72%).