Pembukuan adalah suatu proses pencatatan yang dilakukan secara teratur untuk mengumpulkan data dan informasi keuangan yang meliputi harta, kewajiban, modal, penghasilan dan biaya, serta jumlah harga perolehan dan penyerahan barang atau  jasa, yang ditutup dengan menyusun laporan keuangan berupa neraca dan laporan laba rugi untuk periode tahun pajak tersebut (pasal 1 ayat 29 UU KUP)
Wajib pajak orang pribadi yang melakukan kegiatan usaha atau pekerjaan bebas dan wajib pajak badan di Indonesia wajib  menyelenggaraan pembukuan (pasal 28 ayat 1 UU KUP).
Pembukuan diselenggarakan dengan prinsip taat asas dengan stelsel akrual atau stelsel kas (pasal 28 ayat 5 UU KUP)
Prinsip taat asas adalah prinsip yang sama digunakan dalam metode pembukuan dengan tahun-tahun sebelumnya untuk mencegah penggeseran laba atau rugi. Prinsip taat asas dalam metode pembukuan misalnya dalam penerapan:
1. stelsel pengakuan penghasilan
2. Tahun buku
3. Metode penilaian persediaan
4. Metode penyusutan dan amortisasi
Stelsel akrual adalah suatu metode perhitungan penghasilan pada waktu diperoleh dan biaya pada waktu terutang. Jadi, tidak tergantung kapan penghasilan itu diterima dan kapan biaya itu dibayar secara tunai.
Stelsel kas adalah suatu metode yang perhitungannya didasarkan atas penghasilan yang diterima dan biaya yang dibayar tunai. stelsel kas biasanya digunakan oleh perusahaan kecil orang pribadi atau perusahaan jasa. Â Perhitungan pajak penghasilan dalam memakai stelsel kas harus memperhatikan hal-hal berikut:
1. Perhitungan jumlah penjualan dalam suatu metode harus meliputi seluruh penjualan, baik yang tunai maupun yang bukan. Perhitungan harga pokok penjualan harus memperhitungkan seluruh pembelian dan persediaan.
2. Perhitungan harga yang dapat disudutkan, hak-hak yang dapat diamortisasi, dan biaya-biaya yang dikurangkan dari penghasilan hanya dapat dilakukan melalui penyusutan dan amortisasi
3. Pemakaian stelsel kas harus dilakukan secara taat asas (konsisten). Dengan demikian, penggunaan stelsel kas untuk tujuan perpajakan dapat dinamakan stelsel campuran.
Perubahan terhadap metode pembukuan dan/atau tahun buku harus mendapat persetujuan dari direktur jenderal pajak (pasal 28 ayat 6 UU KUP).
Pembukuan harus diselenggarakan dengan cara atau sistem yang lazim dipakai di Indonesia. Misalnya, berdasarkan standar Akuntansi keuangan, kecuali peraturan perundang-undangan perpajakan menentukan lain (penjelasan pasal 28 ayat 7 UU KUP).
Akuntansi pajak merupakan bagian dari  akuntansi yang ada karena adanya ketentuan undang-undang perpajakan dan pembentukannya dipengaruhi oleh fungsi perpajakan dalam mengimplementasikan kebijakan pemerintah. Tujuan akuntansi pajak adalah menetapkan besarnya pajak terutang berdasarkan laporan keuangan yang disusun oleh perusahaan.
Beberapa konsep akuntansi pajak:
1. Pengukuran dalam mata uang (pasal 28 ayat 4 UU KUP)
2. Kesatuan Akuntansi (pasal 9 ayat 1 huruf b UU PPh)
3. Konsep kesinambungan (pasal 25 ayat 1 UU PPh)
5. konsep nilai historis (pasal 10 ayat 6 UU PPh)
7. Periode Akuntansi (pasal 28 ayat 6 UU KUP)
8. Konsep taat asas (pasal 28 ayat 5 UU KUP)
9. Konsep materialitas (pasal 9 ayat 2 UU PPh)
10. Konsep konservatisme (pasal 9 ayat 1 UU PPh)
11. Konsep realisasi (pasal 4 ayat 1 UU PPh)
12. Konsep mempertemukan biaya dan penghasilan (pasal 6 ayat 1 UU PPh)
