Everybody's sin is nobody's sin, and everybody's crime is no crime at all.
Alfred Kinsey (Liam Neeson) atau biasa dipanggil Prok yang merupakan akronim dari Profesor Kinsey memiliki ketertarikan pada hal-hal yang kurang diperhatikan oleh banyak peneliti. Sejak muda Kinsey tertarik pada spesies tawon madu, bahkan ia mampu mengumpulkan kurang lebih 200 spesimen tawon madu.
Gairah hidup Prok semakin berwarna ketika ia bertemu dengan mahasiswa cantik dan memiliki ketertarikan pada hal yang sama dengan dirinya, mahasiswa cantik itu bernama Clara McMillen (Laura Linney) yang berhasil membuat Prok jatuh cinta.
Keduanya kemudian mengikatkan diri dengan pernikahan, pengalaman seksual keduanya yang tergolong amatir karena sebelum menikah belum pernah merasakan hubungan intim membuat Kinsey mendapatkan ketertarikan lain pada keterkaitan perilaku manusia dengan aktifitas seksual.
Melalui beberapa kelas tentang masalah seksual dan pengaruhnya ke kehidupan sosial Prok dan Clara kemudian membuat sebuah proyek penelitian tentang hal tersebut. Mereka kemudian merekrut Clyde Martin (Peter Sarsgaard) seorang mahasiswa muda yang tertarik pada tema yang diangkat Prok saat memberikan kuliah.
Prok dan Clyde lalu melakukan serangkaian wawancara ke banyak sumber untuk mencari informasi tentang aktifitas seksual mereka, lambat laun aktifitas tersebut mengubah pemikiran Prok tentang hubungan seks bahkan mempengaruhi hubungannya dengan Clyde dan juga Clara.
Proyek penelitian Prok semakin berkembang dan mendapatkan banyak apresiasi, Prok kemudian merekrut lagi beberapa orang untuk membantunya dalam proyek tersebut. Hasil dari penelitian itu dituangkan Prok kedalam buku berjudul Sexual Behaviour In The Human Male yang banyak dipuji sekaligus dicaci, Prok juga berhasil mendapatkan dana hibah dari Rockefeller Fondation untuk menyokong finansial proyek penelitian Prok.
Semakin lama proyek penelitian Prok justru menyentuh hal-hal yang masih tabu untuk dibicarakan, Prok juga banyak dikecam karena dianggap melakukan aktifitas yang tidak dibenarkan oleh moral saat itu dalam melakukan penelitiannya bahkan dikaitkan dengan paham komunis.
Clara yang merasa ada yang salah dari penelitian Prok pun tidak bisa apa-apa kecuali terus mendampingi Prok dan mengingatkan Prok tentang nilai dan moral, meskipun Clara sendiri tidak bisa melawan gejolak hasratnya saat bersama Clyde.
Kecaman dan kritikan yang menyerang Prok ternyata berimbas pada dihentikannya dana hibah dari Rockefeller Fondation yang kemudian menyeret Prok untuk melihat kembali tujuan dari proyek penelitian yang ia buat.
