Tidak ada catatan pasti kapan Fort San Pedro mulai didirikan. Berdasarkan catatan yang ada di benteng, struktur asli Fort San Pedro dibangun Legazpi pada 8 Mei 1565, sebelas hari setelah ia mendarat di Cebu. Bangunan masih sederhana dengan berbahan kayu, tetapi sudah berbentuk segitiga seperti saat ini. Nama benteng San Pedro, tampaknya diambil dari salah satu kapal Legazpi. Ada 4 kapal di bawah komandonya, yakni San Pedro, San Pablo, San Juan, dan San Lucas.
45 tahun setelahnya, Spanyol mendirikan benteng di Tidore bernama Santiago Caballeros de los de la de isla Tidore atau sekarang dikenal Benteng Tahula. Benteng ini dibangun 1610 dan selesai pada 1615 saat Gubernur Spanyol Don Jeronimo de Silva (1612-1617). Benteng yang berfungsi sebagai pertahanan dari Portugis ini menjadi basis militer Spanyol hingga tahun 1662.
Perkembangan San Pedro
Pasca Legazpi, benteng mengalami perubahan dan perkembangan. Struktur benteng yang ada saat ini adalah struktur sejak 1738. Â Pada tahun 1898, era Spanyol berakhir di Kepulauan Filipina. Benteng kemudian diserahkan kepada kaum revolusioner Cebuano, penduduk Cebu.
Dari tahun 1937 sampai 1941 benteng digunakan untuk sekolah. Kemudian, selama Perang Dunia II, 1942 sampai 1945, benteng dipakai oleh tentara Jepang utuk berlindung. Ketika pertempuran pembebasan Cebu dari Jepang, benteng tersebut berfungsi sebagai rumah sakit darurat bagi orang-orang yang terluka.
Di dalam benteng terdapat beberapa bagian, struktur atau bagian yang terbesar disebut dengan Cuerpo de Guardia. Di sana menjadi tempat tinggal para prajurit. Tidak jauh dari Cuerpo de Guardia terdapat bangunan lain yang dipakai untuk Letnan yang disebut Vivienda del Teniente (rumah letnan). Ada juga sebuah gudang yang pada zaman dahulu dipakai untuk menyimpan senjata dan amunisi.
Fort San Pedro yang berbentuk segitiga itu, dua sisinya menghadap ke laut sedangkan sisi yang lain menghadap ke daratan. Sisi yang menghadap ke laut dijaga dengan meriam. Ada tiga benteng di tiap sisi benteng yang diberi nama La Concepcion (barat daya), Ignacio de Loyola (tenggara), dan San Miguel (timur laut). Empat belas meriam ditempatkan di sekeliling benteng yang kesemuanya masih ada sampai sekarang. Untuk mengembalikan bentuk asli dari Fort San Pedro, pemerintah kota Cebu melakukan upaya perbaikan dan dilakukan oleh seorang arsitek yang bernama Leonardo Conception.
Lokasi Fort San Pedro berada di kota Cebu tepatnya di jalan A. Pigafetta. Di dalamnya bisa ditemui jejak sejarah Fort San Pedro, Sejarah Cebu dan Sejarah Filina, berbagai artefak Spanyol yang terpelihara dengan baik seperti dokumen Spanyol, lukisan dan pahatan. Di bagian luar benteng terdapat patung Legazpi dan Antonio Pigafetta.