Setelah peristiwa mengerikan pada tahun 2002 Indonesia kembali mengalami kejadian mengerikan pada tanggal 5 Agustus 2003, kurang dari setahun pasca insiden bom Bali pertama. Kali ini lokasi dari insiden terorisme ada di JW Marriott hotel yang letaknya di Jakarta.
Jika pada insiden sebelumnya terjadi di malam hari, maka kebalikannya pada kasus ini. Untuk kali ini bom meledak sekitar pukul 07.00 WIB. Pada pagi itu sebuah mobil yang terparkir didepan hotel meledak dan mengakibatkan kerusakan pada bangunan hotel. Terdapat korban jiwa meninggal dunia sebanyak 12 orang, dan lebih dari 150 orang terluka.
Pada kasus ini, motifnya adlah menerror orang-orang asing yang datang ke JW Marriott hotel. Mereka memiliki tujuan untuk mengguncang stabilitas Indonesia dan melawan kehadiran asing yang dipandang sebagai musuh oleh kelompok teroris.
Pelaku lagi-lagi berasal dari kelompok jemaah Islamiyah. Salah satu tersangka utamanya bernama Imam samudra yang sudah dieksekusi mati pada tahun yang sama seperti Amrozi Nurhasyim, yaitu pada tahun 2008.
3. Bom Gereja Surabaya (13 Mei 2018)
Pada 13 mei 2018, terjadi sebuah serangan bom bunuh diri oleh satu keluarga yaitu Dita Oepriarto (ayah), Puji Kuswati (ibu), serta empat anak mereka. Mereka merupakan jemaah Ansharut Daulah (JAD), organisasi teroris yang memiliki hubungan dengan negara Islam Irak dan Suriah (ISIS).
Peristiwa serangan ini terjadi di 3 gereja di Surabaya yang menewaskan 28 orang termasuk pelaku dan lebih dari 50 orang terluka.
Ledakan pertama terjadi pada pukul 07:00 WIB di Gereja Katolik Santa Maria Tak Bercela, jl. Kepuhsari Surabaya, ledakan kedua terjadi pada pukul 07:15 WIB bertempat di Gereja Kristen Indonesia (KGI) Diponegoro., jl. Diponegoro, Surabaya. Lalu pukul 07:30 WIB ledakan ketiga terjadi di Gereja Pantekosta Pusat Surabaya (GPPS), JALAN Arjuno, Surabaya.
Beberapa pihak menduga serangan ini sebagai bentuk balas dendam atas penangkapan sejumlah pemimpin kelompok teroris di Indonesia. Motif utama pelaku diduga kuat memiliki motivasi jihad untuk membela kelompok mereka yang dianggap benar.
