Eksistensi Orang Yahudi di Indonesia tidak lepas dari kehadiran bangsa kolonial ke Nusantara. Mereka masuk ke Indonesia di kisaran tahun 1800-1930 M. Mereka merupakan Yahudi yang berasal dari negara Polandia, Inggris, Belanda, Jerman, dan Belgia yang datang sebagai pegawai dan prajurit kolonial. Â
Secara ras sendiri kebanyakan dari mereka memang merupakan keturunan Yahudi. Adapun terkait rumah ibadah Sinagog pernah ada satu di Indonesia, yakni berada di kota Manado. Akan tetapi pada masa pendudukan Jepang, Sinagog ini kemudian dihancurkan. Sejak saat itu beberapa penganut Yahudi memutuskan untuk berpindah agama ke agama Islam dan Kristen. Sinagog  kemudian dibangun kembali pada tahun 2004 di kota yang sama. Sebelum Perang Dunia II, diketahui bahwa jumlah penganut Yahudi di Indonesia sebanyak dua ribu orang. Namun pasca perang usai, banyak di antara penganut Yahudi  yang memutuskan untuk kembali ke negara asalnya.
Menurut Yobbi Ensel, keturunan Yahudi dari Spanyol dan Portugis masuk ke Indonesia sebagai awak kapal ekspedisi Vasco da Gama. Saat itu mereka memasuki wilayah-wilayah timur Indonesia seperti Maluku, Timor, dan Manado. Akan tetapi secara politis mereka diwajibkan untuk memeluk agama Kristen dan Khatolik, kemudian tidak lama mereka diberikan kesempatan untk memeluk agama Yahudi kembali.
 Beberapa bukti yang ditemukan terkait keberadaan orang Yahudi adalah ditemukannya kerangka dengan postur tinggi di Desa Nampak dan Marohan kabupaten Talaud. Tulang-tulang ini diyakini merupakan keturunan orang-orang Yahudi. Selain itu, bukti kehadiran bangsa Yahudi di Indonesia dapat dilihat dari nama-nama sebagian orang Manado seperti Loop, Lumire, Willehima, Masone, dan Sarah.
Penganut Yahudi di Indonesia terbagi atas dua aliran, aliran orthodox yang masih kental melaksanakan ajaran-ajarannya dan aliran gabungan (orthodox-liberal). Yahudi Ortodox melakukan ibadah secara ketat. Pada hari  (Sabtu), mereka dilarang untuk bekerja. Maka dari itu segala keperluan pada hari itu mereka siapkan sehari sebelumnya. Jumlah penganut Yahudi Ortodox di Indonesia sebanyak 30 orang yang tersebar di kota Surabaya, Jakarta, dan Manado. Saat ini mereka dipimpin oleh  Yacoov Baruch.
Adapun komunitas Yahudi Gabungan dipimpin Yobbi Ensel. Pada hari Sabat mereka akan beribadah pada salah satu rumah anggota yang dilaksanakan tiap hari Sabtu pukul 10.00-11.00. Penganut komunitas ini tidak hanya datang dari mereka yang merupakan keturunan Yahudi, yang bukan keturunan Yahudipun diperbolehkan untuk ikut setelah mengikuti pembelajaran mengenai Yudaisme.
Pada tanggal 28 Oktober 2010, beberapa komunitas orang Yahudi mulai dibentuk. Mereka kemudian tergabung dalam wadah yang bernama United Indonesia Jewish Community (UIJC). Komunitas ini dipimpin oleh Benjamin Meijer Verbrugge. Ia menyatakan bahwa kehadiran komunitas ini sangat membantu lebih dari 500 keturunan Yahudi di Indonesia yang ingin kembali memeluk Agama Yahudi. Kemudian 300 orang dari mereka telah mulai menjalankan ibadah secara rutin.
