1. Pesantren Salafiyah (Tradisional)
Pesantren salafi itu sendiri merupakan bentuk asli dari lembaga pendidikan pesantren. Pesantren sejak pertama kali didirikan oleh wali songo, format pendidikan di dalam pesantren adalah bersistem salaf. Kata salaf berasal dari bahasa arab . Ada beberapa makna dari kata salaf yang berbeda-beda.
Pondok pesantren salaf ini adalah sebutan bagi sebuah pondok pesantren yang mengkaji tentang kitab-kitab kuno islam klasik atau kitab kuning, pesantren salafiyah ini identik dengan pesantren klasik atau pesantren tradisional dan yang membedakan dengan pesantren modren yaitu dalam hal metode pengajarannya dan ifrastrukturnya.
Metode pembelajaran yang digunakan dipondok pesantren tradisional diselenggarakan menurut kebiasaan-kebiasaan yang telah lama digunakan didalam institusi pesantren dan merupakan metode pembelajaran asli dari pesantren itu sendiri yang dikenal dengan sorogan, bandongan dan wetonan.
Ciri khas dari pesantren salafi antara lain seperti:
1) Dalam keseharian memakai sarung
2) Santri lebih hormat dan santun kepada kyai, guru, dan seniornya.
3) Sistem penerimaan santri tanpa seleksi. Setiap santri yang masuk langsung diterima, sedangkan penempatan kelas sesuai dengan kemampuan dasar ilmu agama yang dimiliki sebelumnya.
4) Berafilasi kultural ke nahdlatul ulama (NU) dengan kekhasan fiqih bermadzhab syafi'i, akidah tauhid bermadzhab Asy'ari atau maturidiyah, dan mengajarkan ilmu tasawuf seperti karya al-ghazali dan lainnya.Â
2. Pesantren Khalafiyah (Modern)
Seiring dengan perkembangan zaman, lembaga pendidikan di pondok pesantren juga tidak menutup diri untuk membuat pembaharuan -- pembaharuan baik dalam segi metode maupun teknis dalam pelaksanaan pendidikan didalam pondok pesantren itu sendiri. Pada perkembangan selanjutnya metode pembelajaran pondok pesantren mencoba untuk merenovasi metode yang ada tersebut untk mengembangkan metode baru yaitu yang sebelumnya menggunakan metode klasikal berupa bandongan, sorogan dan wetonan.
Dalam sistem dan kultur pesantren dilakukan perubahan yang cukup dastis yaitu:
a. Perubahan sistem pengajaran dari perorangan atau sorogan menjadi sistem klasikal yang kemudian dikenal dengan istilah madrasah atau sekolah.
b. Lembaga pendidikan tipe universitas sudah mulai didirikan dikalangan pesantren.
c. Bertambahnya komponen pendidikan pondok pesantren, misalnya keterampilan sesuai dengan kemampuan dan kebutuhan masyarakat sekitar, kepramukaan untuk melatih kedisiplina da pendidikan agama, kesehatan dan olahraga seta kesenian yang islami.
d. Pemberian pengetahuan umum disamping masih memberika atau mempertahankan pengetahuan agamanya.
